​Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü, Meyvecilik, Bağcılık, Sebzecilik, Süs Bitkileri, Tıbbi ve Aromatik Bitkiler, Bitki Sağlığı ile Toprak ve Su Kaynakları konularında Ulusal seviyede aşağıda belirtilen görevleri yerine getirmekle sorumludur:
 

• Entegre program ve projeler kapsamında çalışmalarda bulunmak ve bu tip projelere her türlü teknik ve idari destek sağlamak,
•  Görevli olduğu konularda faaliyet gösteren uluslararası kuruluşlar, kamu ve özel kurum, kuruluşları ve STK'larla bölgesel, ulusal ve uluslararası düzeyde Ar-Ge çalışmalarında işbirliği yapmak, araştırma projeleri hazırlamak, yürütmek ve bu projelerde görev almak
•  Islah ve yetiştirme teknikleri ile pazar talepleri doğrultusunda yeni çeşit, hat, verim ve kaliteyi geliştirmek, hastalık, zararlı ve olumsuz çevre koşullarına dayanıklılığı artırmak, bu görevleri yaparken biyoteknoloji gibi yeni teknik ve teknolojileri kullanarak temel ve uygulamalı araştırmalar yapmak,
• Tarımsal mekanizasyon ve bilgi teknolojileri, hassas tarım teknikleri veya erken uyarı sistemleri ile bitki besleme ve zirai mücadelede etkinliği artırmak, hasat ve hasat sonrası ürün kayıplarını azaltacak araştırmalar yapmak,
•  Islah çalışmaları sonucunda geliştirilen çeşit veya hatları tescil ettirmek, ıslah materyalinin devamlılığını sağlamak ve geliştirdiği çeşitlerin elit ve orijinal kademede tohumluk üretimini gerçekleştirmek,
•  Görev alanında biyolojik çeşitliliğin korunması ve sürdürülebilir kullanımının sağlanması amacıyla, mikrobiyal ve bitkisel genetik kaynakların toplanması, muhafazası, tanımlanması, gerekli görüldüğünde kültüre alınması ve ıslah programında kullanılması konularında çalışmalar yapmak,
• Meyvecilikte; sahibi olduğu çeşitlerde sertifikasyona esas olacak 1 ve 2 no'lu parselleri oluşturmak, baz materyali muhafaza etmek, talep eden fidancılara nitelikli çoğaltım materyali sağlamak,
•  Gıda güvenilirliği ve fonksiyonel gıda konularında araştırmalar yapmak,
•  Görev alanına giren konularda sosyo-ekonomik araştırmalar yapmak,
• Tarımda suyun etkin kullanımı için uygun yöntem ve teknoloji geliştirmek,
•  Bitki besin maddeleri ile toprak düzenleyicilerin toprak verimlilik ve kalitesine etkilerini araştırmak ve uygun gübreleme tekniklerini geliştirmek,
•  Ülke genelinde görev alanına giren konularda araştırma önceliklerini belirlemek, entegre projelerde koordinatörlük yapmak ve çalışma konularında en az bir hakemli dergi yayınlamak,
• Görevli olduğu temel bitki gruplarında vejetasyonu izlemek, gözlem yapmak, gelişim ve hasat dönemlerinde rekolte tahmini de içeren raporlar hazırlayarak karar vericilere muhtemel krizleri önleyici önerilerde bulunmak,
• Araştırma sonuçlarının uygulamaya aktarılması amacıyla İl müdürlükleri, kamu, özel sektör ve sivil toplum kuruluşlarıyla işbirliği yapmak, ortak programlar düzenlemek, çiftçi şartlarında demonstrasyonlar kurmak, yayım çalışmalarına katkıda bulunmak, teknik düzeyde bölgesel, ulusal ve uluslararası seminer, konferans, sempozyum, kongre, çalıştay vb. bilimsel toplantılar ve eğitim programları düzenlemek.