Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü, “Yalova Benim Kentimdir" diyerek kente sevgisini ifade eden Ulu Önder Mustafa Kemal ATATÜRK tarafından 1929 yılında bölge ve ülke tarımının gelişmesi, yetiştiricilikte modern tekniklerin kullanımı ve çiftçilerin bu tekniklerle tanışması amacıyla satın alınan “Milet Çiftliği" arazisinde kurulmuştur. Tarımın tüm dallarına büyük ilgi duyan Atatürk 11 Mayıs 1928 tarihine kadar çiftliğin yönetimi ile bizzat ilgilenmiş ve amaçlarını gerçekleştirmeye çalışmıştır. Atatürk tarafından 11 Haziran 1937 tarihinde Türk Milletine bağışlanan çiftlik 1938 yılında 3308 sayılı yasa ile “Devlet Ziraat İşletmeleri Kurumu"na devredilmiştir. 1950 yılında 5433 sayılı yasa ile “Devlet Üretme Çiftlikleri Genel Müdürlüğü" ve 1952 yılında “Ziraat İşleri Genel Müdürlüğü" bünyesine alınmıştır. Enstitü Ziraat İşleri Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak Millet Çiftliği arazisinde 9 Mart 1961 tarihinde “Yalova Bahçe Kültürleri Bölge Araştırma Enstitüsü" adı ile kurulmuş ve kuruluşundan bugüne kadar aşağıda belirtilen isimlerle faaliyetine devam etmiştir. Enstitü 2011 yılında 639 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulan Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'na doğrudan bağlı 11 Merkez Araştırma Enstitüsü içinde “Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü" ismi ile çalışmalarına devam etmektedir.
- 1961-1968: Bahçe Kültürleri Bölge Araştırma Enstitüsü
- 1968-1972: Bahçe Kültürleri Araştırma Eğitim Merkezi
- 1972-1981: Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü
- 1981-1986: Atatürk Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü
- 1986- < : Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü