Bitki Sağlığı Bölümü, sorumluluk alanı olan Marmara Bölge'sindeki (Bilecik, Bursa, Düzce, Edirne, İstanbul, Kırklareli, Kocaeli, Sakarya Tekirdağ ve Yalova) bahçe bitkilerinde ürün kaybına neden olan hastalık (Fungal, viral bakteriyel), zararlı (Akar, böcek, nematod) ve yabancı otlarların teşhis, yoğunluk, yayılış ve zarar düzeylerini saptamak, biyolojilerini, biyo-ekolojilerini ve epidemiyolojilerini araştırırak en etkili ve en ekonomik mücadele yöntemlerini belirlemek ve elde edilen bulguları uygulamaya aktarmakla sorumludur. Ayrıca Enstitüde ıslah edilen çeşitlerin hastalık ve zararlılara duyarlılıkları, mevcut hastalık ve zararlılarla mücadele yöntemleri, sağlıklı materyal üretim teknikleri üzerinde çalışmaktadır.

Bölümün, Bakanlığımız Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü ile ilgili görevleri ise aşağıda tanımlanmıştır;

• Ruhsata esas bitki koruma ürünlerinin deneme yerlerini denetlemek
• Entegre mücadele, entegre ürün yönetimi ve hububatın önemli zararlılarından olan süne gibi konularda ülke veya bölge teknik koordinatörlüğünü üstlenmek,
• Resmi, özel ve tüzel kuruluşlar veya üreticiler tarafından gönderilen bitkilerin hastalık zararlılar açısından makroskopik ve mikroskopik analizlerini yapmak ve çözüm önerileri sunmak,
• Bölgede ihtiyaç duyulan konularda zararlı organizmalarla ilgili Zirai Mücadele Teknik Talimatları ve Standart İlaç Deneme Metotları'nı hazırlamak,
• Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Tarım İl ve İlçe Müdürlükleri'nde görev yapan teknik elemanların ve üreticilerin eğitimlerini yapmak,

          Bakanlık tarafından bitki hastalık ve zarlıları ile ilgili verilen diğer (sörvey, karantina, ilaç deneme denetimleri, feromon tuzak taleplerinin karşılanması v.b) görevleri yerine getirmektir.