Enstitü, Atatürk tarafından 1929 yılında örnek bir tarım işletmesi oluşturarak bölge ve ülke tarımının gelişmesine katkıda bulunmak amacıyla satın alınan, daha sonra Hazineye karşılıksız olarak devredilmiş olan ve “Millet Çiftliği” olarak adlandırılan arazi üzerinde bulunmaktadır.
1961 yılından 1964 yılına kadar kuruluş sürecini tamamlayan Enstitünün oluşumunda, Birleşmiş Milletler Kalkınma Örgütü (UNDP) ve Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü (FAO) kaynaklarından da yararlanılmıştır.
52 yılı geride bırakan Enstitü, 08/06/2011 tarih ve 27958 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan Tarım ve Orman Bakanlığı’nın Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname’de belirtildiği üzere Bakanlığa doğrudan bağlı kuruluş olup, Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü başta olmak üzere, diğer genel müdürlüklere işbirliği halinde çalışmalarını sürdürmektedir.