• Bakteriyoloji Birimi Bölümün başlıca görevleri bitki ve bitkisel ürünleri tehdit eden bakteriler, fitoplazmalar, funguslar, virüsler ve viroidlerin sebep olduğu bitki hastalıklarını teşhis etmek, yaygınlık ve zarar seviyelerini belirlemek, biyolojileri, epidemiyolojileri ve mücadele metotlarını ortaya koymaktır.
• Surveyler ile karantina organizmaları ve yeni ortaya çıkan patojen risklerini takip etmek,
• Zararlı organizmaları tanılamak ve karakterizasyonunu yapmak,
• Ksilem ve floemle sınırlı bakteriler, fitoplazmalar ve virüsler gibi zararlı organizmaların konukçuları ve vektörleri ile ilişkilerini de kapsayacak şekilde epidemiyolojik çalışmalar yürütmek,
• Yeni metotları adapte ederek kültüre alınamayan organizmaların teşhis kapasitesini arttırmak,
• Patojenin virülensliği ve konukçu hassasiyeti/dayanıklılığına ilişkin olarak konukçu/patojen ilişkileri hakkında çalışmalar yürütmek,
• Tahmin ve uyarı metotlarını çalışmak ve mücadele çalışmalarına entegre etmek,
• Bitki patojeni mikroorganizmaları muhafaza etmek ve katalogunu hazırlamak
• Karantina organizmalarının izlenmesi ve haritalanmasına yönelik planlanan Bakanlığımız projelerini laboratuvar analizleri ile desteklemek,
• Bitki ve bitkisel ürünlerde ithalat, ihracat, bitki pasaportu ve sertifikasyon amaçlı analizleri yapmak,
• Bitki koruma ürünlerini ruhsatlandırma komisyonuna katılmak ve bitki hastalıklarına ilişkin bitki koruma ürünlerinin etkinlik denemelerinin dosyalarını değerlendirmek,
Bölümün diğer görevleri arasındadır.