Birimin başlıca görevleri meyve bahçeleri ve bağ alanlarında zarar oluşturan fungal hastalıkları morfolojik ve moleküler metotlar kullanarak teşhis etmek, yaygınlık oranlarını belirlemek, biyolojileri, epidemiyolojileri ve mücadele metotlarını ortaya koymaktır.

TAGEM ve EUPHRESCO tarafından desteklenen projeler birimde yürütülmektedir. Bunlar:

•   Orta Anadolu Ceviz (Juglans regia L.) Üretim Alanlarında Hastalık ve Zararlıların Tespiti Yaygınlık ve Yoğunluklarının Belirlenmesi ile Mücadelesi,

•   Bursa İli Meyve (Elma, Ceviz, Kiraz, Şeftali) ve Isparta İli Elma Fidanlıklarında Görülen Phytopthora Türlerinin Saptanması ve Bazı Elma Anaçlarının Agresif Türlere Karşı Reaksiyonlarının Belirlenmesi,

•   Isparta, Konya ve Afyonkarahisar İllerinde Kiraz, Vişne ve Kayısı Ağaçlarında Bulunan Monilinia laxa'nın Bazı Fungisitlere Direnç Durumlarının Araştırılması,

•   Inventory and Validation of quality control procedures for the extraction of nuclec asids for real-time PCR used for diagnosis of pests (EUPHRESCO),

Birim'de, Monilinia fructicola karantina etmenine yönelik; Afyonkarahisar, Aksaray, Ankara, Bartın, Bolu, Burdur, Çankırı, Çorum, Eskişehir, Isparta, Karabük, Karaman, Kayseri, Kırıkkale, Kırşehir, Konya, Nevşehir, Niğde, Yozgat, Zonguldak İl Tarım ve Orman Müdürlükleri tarafından yürütülen ari alan projesinin koordinatörlüğü yürütülmektedir.