Bitkilerde zarar oluşturan hastalık ve zararlılar ile mücadelede biyolojik mücadele etmenlerinin belirlenmesi, korunması, etkinlikleri ve bu etmenlerin kullanımlarına yönelik araştırmalar yapmak bölümün görevidir.

Bununla birlikte;

·          Biyolojik mücadele etmenlerinin ve konukçularının üretimini yapmak ve bu etmenleri salım çalışmalarında kullanmak,

·          Doğal kaynaklarımız olan biyolojik mücadele etmenlerinin tespiti ve sürdürülebilirlikleri için rezerv alanları oluşturmak,

·          Değişen çevre ve iklim koşullarında zararlı ve faydalı organizmaların popülasyonlarını izlemek,

·          Tarımsal aktivitelerin ekosisteme olumlu veya olumsuz etkileri ile zararlı-faydalı komplekslerindeki değişimlerin izlenmesine yönelik ekolojik çalışmaları yürütmek,

·          Tarım ürünlerinde kullanılan pestisitlerin faydalı organizmalara yan etkilerini belirlemek,

·          Biyolojik mücadele etmenleri ile konukçu ve bitkiler arasındaki beslenme ilişkilerini ortaya koyarak mücadele programlarını oluşturmak.

·          Mücadeleye yönelik çalışmalara katkı sağlamak amacıyla bitkide hastalık etmenlerine dayanıklılığı sağlayan mekanizmaların ortaya konulmasına yönelik çalışmalar yapmak.

·          Bitki hastalıkları ile biyolojik mücadele kullanılan, faydalı fungus, bakteri vb. mikroorganizmalar konusunda araştırmalar yapmak.

·          Bitki zararlıları ile biyolojik mücadele kullanılan entomopatojen fungus, bakteri vb. mikroorganizmalar konusunda araştırmalar yapmak.

·          Zararlı organizmalar ile mücadelede biopestisitleri kullanmak,

·          Araştırmalar sonunda ümitvar bulunan yerli mikroorganizma izolatlarının (fungus, bakteri vb.) biyopestisit olarak üretimine yönelik formulasyon çalışmaları yapmak.
Biyolojik mücadele çalışma sonuçlarının IPM programlarına entegrasyonunu sağlamak görevleri arasındadır.