Bitkilerde zarar oluşturan hastalık ve zararlılar ile mücadelede biyolojik mücadele etmenlerinin belirlenmesi, korunması, etkinlikleri ve bu etmenlerin kullanımlarına yönelik araştırmalar yapmak bölümün görevidir.
Bununla birlikte;
· Biyolojik mücadele etmenlerinin ve konukçularının üretimini yapmak ve bu etmenleri salım çalışmalarında kullanmak,
· Doğal kaynaklarımız olan biyolojik mücadele etmenlerinin tespiti ve sürdürülebilirlikleri için rezerv alanları oluşturmak,
· Değişen çevre ve iklim koşullarında zararlı ve faydalı organizmaların popülasyonlarını izlemek,
· Tarımsal aktivitelerin ekosisteme olumlu veya olumsuz etkileri ile zararlı-faydalı komplekslerindeki değişimlerin izlenmesine yönelik ekolojik çalışmaları yürütmek,
· Tarım ürünlerinde kullanılan pestisitlerin faydalı organizmalara yan etkilerini belirlemek,
· Biyolojik mücadele etmenleri ile konukçu ve bitkiler arasındaki beslenme (trofik) ilişkilerinin ortaya konularak mücadele programlarının oluşturmak.
· Süne ile biyolojik mücadele çalışmalarında koordinatörlük yapmak,
· Mücadeleye yönelik çalışmalara katkı sağlamak amacıyla bitkide hastalık etmenlerine dayanıklılığı sağlayan mekanizmaların ortaya konulmasına yönelik çalışmalar yapmak,
· Zararlı organizmalar ile mücadelede biopestisitleri kullanmak,
· Araştırmalar sonunda ümitvar bulunan yerli izolatların (fungus, bakteri vb.) biyopestisit olarak üretimine yönelik formulasyon çalışmaları yapmak.
Biyolojik mücadele çalışma sonuçlarının IPM programlarına entegrasyonunu sağlamak görevleri arasındadır.