Bakanlık Stratejik Plan hedefleri ve TAGEM Master Plan öncelikleri doğrultusunda belirlenen görevlerin yerine getirilmesi Enstitü'nün yetki ve sorumluluğundadır. Bunlar;

• Bitki ve bitkisel ürünlerde zarar oluşturan böcek, akar, nematod ve genel zararlıların teşhisi, yayılışları, yoğunlukları, zarar seviyeleri ve faydalılarının tespit edilmesi, önemli zararlıların biyoekolojileri, epidemiyolojileri ve mücadele yöntemleri konularında araştırmalar yapmak,

• Bitki ve bitkisel ürünlerde zarar oluşturan bakteriler, fitoplazmalar, funguslar, virüsler ve viroidlerin teşhisi, yaygınlık ve zarar seviyelerinin belirlenmesi, biyolojileri, epidemiyolojileri ve mücadele yöntemleri konularında araştırmalar yapmak,
• Tarım alanları ve tarım dışı alanlarda sorun olan yabancı otlar ve yüksek parazit bitkilerin teşhisi; yabancı otların mücadelesinde biyolojik mücadelenin kullanımı ve yeni herbisit uygulama tekniklerinin geliştirilmesi ile istilacı bitki türleri ve mücadelesine yönelik araştırmalar yapmak,
• Biyolojik mücadele etmenlerinin belirlenmesi, korunması, etkinlikleri ve bu etmenlerin kullanımlarına yönelik araştırmalar yapmak, biyolojik mücadele etmenlerinin ve konukçularının üretimini yapmak ve bu etmenleri salım çalışmalarında kullanmak,
• Bitki hastalık ve zararlıları ile biyolojik mücadele kullanılan entomopatojen fungus ve bakteriler konusunda araştırmalar yapmak, ümitvar bulunan yerli mikroorganizma izolatlarının biyopestisit olarak üretimine yönelik formülasyon çalışmaları yapmak,
• Zirai mücadele ilaçları ve kalıntıları üzerinde araştırmalar yapmak ve bu alanlarda ülkesel ihtisas merkezi olarak görev yapmak,
• Tarımsal alanlarda zararlı böcek, akar ve fungus türlerinin pestisitlere karşı direnç durumlarının belirlenmesi konusunda araştırmalar yapmak; pestisit toksikolojisi, ekotoksikolojisi, pestisitlerin çevresel akıbet ve davranışı, uygulayıcıların ve tüketicilerin maruziyeti, bitki hastalık ve zararlılarında pestisitlere karşı direnç ve direnç yönetimi konularında Bakanlığımıza, ilgili kurum ve kuruluşlara teknik danışmanlık hizmeti vermek,
• Ülke genelinde tarımsal fauna etmeni organizmaların toplanması, muhafazası, envanterinin çıkarılması ve taksonomisi konularında araştırmalar yapmak, ilgili faaliyetleri koordine etmek,
• Kültür bitkilerindeki zararlı, hastalık ve yabancı ot türlerine karşı yapılacak olan tüm ilaçlamalarda bitki ve bitki koruma ürünü için uygun ekipmanın ve uygulama tekniğinin seçilmesi ve kullanılması, performans ve etkinlik değerlerinin belirlenmesi, yeni teknik ve teknolojilerin geliştirilmesi-adaptasyonu konularında araştırmalar yürütmektir.

​Diğer Faaliyetler​

• Akdeniz meyvesineği ve Zeytin sineği mücadelesinde kullanılan ZİRAY üretimini yapmak,
• Buğday, Patates, Elma, Armut ve Ayva Entegre Mücadele ülke koordinatörlüğünü yürütmek ve diğer entegre mücadele araştırma projelerinde görev alarak bu mücadele programlarının oluşturulmasına, geliştirilmesine ve uygulanmasına katkı sağlamak,

• Uygulama kuruluşlarından ve üreticilerden gelen sorunları değerlendirerek çözüm yollarını araştırmak,

• Zararlı organizmalarla mücadelede tahmin-uyarı sistemlerinin kullanım olanaklarını araştırmak,
• Ulusal ve uluslararası kamu ve özel kuruluşlar ve sivil toplum örgütleri ile Ar-Ge çalışmalarında iş birliği yapmak, araştırma projeleri hazırlamak, yürütmek ve bu projelerde görev almak,

• Enstitünün fiziki, beşerî, mali ve proje kapasitesini geliştirmek, bilgi teknolojilerinin kullanımını sağlamak,
• Teknik düzeyde bölgesel, ulusal ve uluslararası seminer, konferans, sempozyum, kongre, çalıştay vb. bilimsel toplantılar ve eğitim programları düzenlemek,
• Zirai Mücadele Teknik Talimatları, Entegre Mücadele Teknik Talimatları, Standart İlaç Deneme Metotları ve Standart Yan Etki Deneme Metotlarını hazırlamak, Bitki koruma ürünlerinin ruhsatlandırma komisyonlarında görev almak, biyolojik etkinlik denemelerini denetlemek,
• Tarım ürünlerinde kullanılan pestisitlerin faydalı organizmalara yan etkilerini belirlemek,
• Bitki Sağlığında gelişen yeni teknikleri, analiz ve deneme metotlarını araştırmak ve uygulamaya aktarmak, karantinaya tabi hastalıklarda hızlı teşhis yöntemlerini geliştirmek ve zararlı risk analizlerini (ZRA) hazırlamak,
• İklim değişikliğinin bitki hastalık ve zararlıları üzerinde meydana getireceği muhtemel değişimleri belirlemek ve uygun adaptasyon önerileri geliştirmek,
• Bölge illerindeki Zararlıdan Ari Alan çalışmalarını koordine etmek,
• AB uyum sürecinde Bitki Sağlığı yönünden mevzuat uyumlaştırma çalışmalarına katılmak,
• Avrupa ve Akdeniz Bitki Koruma Organizasyonunun (EPPO) çalışmalarında görev almaktır.​