Birimin başlıca görevleri sebze, yem, endüstri ve süs bitkilerinde zarar oluşturan fungal hastalıkları morfolojik ve moleküler metotlar kullanarak teşhis etmek, yaygınlık ve hastalık şiddetlerini belirlemek, biyolojileri, epidemiyolojileri ve mücadele metotlarını ortaya koymaktır.

TAGEM tarafından desteklenen projeler kapsamında çalışmalar yürütülmektedir. Bunlar;

• İç Anadolu Bölgesi kimyon ekiliş alanlarındaki hastalık ve zararlıların tespiti ve mücadelesine yönelik araştırmaların yapılması,
• Baklagillerde (nohut-fasulye) bulunan hastalıkların tespiti, kuru fasulye ıslahı çalışmaları, nohutta antraknoz hastalığının patotiplerine karşı dayanıklı hatların geliştirilmesi, çeşit reaksiyonları ve mücadelesi,
• İç Anadolu Bölgesi tohumluk yonca alanlarındaki zararlı ve hastalıkların belirlenmesi ve mücadele metotlarının tespit edilmesi,
• Marulda beyaz çürüklük hastalığının yaygınlığı, genetik çeşitliliği ve mücadele metotlarının tespit edilmesi,
• Türkiye Milli Botanik Bahçesi ile birlikte yürütülmekte olan Türkiye Milli Botanik Bahçesi Bitki Genetik Kaynaklarının Yönetimi projesi,
• Patateste siğil hastalığı (Synchtrium endobioticum) başta olmak üzere, fungal hastalıkların tespiti, moleküler ve morfolojik teşhisi ile ilgili çalışmalar yürütülmektedir.

Birim'de sebze, yem, endüstri ve süs bitkilerinde fungal hastalıklar ile "Bitki Pasaportu Sistemi ve Operatörlerin Kayıt Altına Alınması Yönetmeliği"nde yer alan organizmalara göre fide fidanlık ve tohumluk patates üretim alanlarından sertifikasyon amaçlı gönderilen toprak numunelerinde Patates siğil hastalığı yönünden analizler yapılmaktadır.