Enstitümüz üç kurumun birleşmesi ile kurulmuştur.
Enstitümüzün Beymelek Merkez Birimi, 11 Mayıs 1988 tarihinde Tarım ve Köy işleri Bakanlığı ile UNDP (Birleşmiş Milletler Kalkınma Programı) arasında imzalanan işbirliği antlaşması projelendirilerek (TUR/87/029/B/01/12) "Beymelek Lagünü Kültür Balıkçılığı Projesi" uygulamaya konulmuştur. Bakanlığımızca 1993 yılında "Beymelek Su Ürünleri Üretim ve Geliştirme Merkez Müdürlüğü" olarak bağımsız bir müdürlük haline dönüştürülmüştür.
Enstitümüzün Kepez Birimi, ilk olarak "Antalya Su Ürünleri İl Müdürlüğü" şeklinde faaliyete başlamıştır. 1981'de Tarım ve Köy İşleri Bakanlığı Su Ürünleri Genel Müdürlüğü'nce hazırlanan "Türkiye İç sularını Balıklandırma Projesi" kapsamında "Kepez Su Ürünleri Üretim ve Araştırma Projesi" uygulamaya geçirilmiştir. 2005 yılına kadar ülkemizin iç sularını balıklandırma faaliyetleri ile birlikte, su ürünleri konusunda da birçok projeyi yürütmüştür.
Bakanlar Kurulu kararı ile kaldırılan Bodrum Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü 1980'li yılların başında Süngercilik Üretme İstasyonu olarak faaliyetlerine başlamıştır. Bakanlığın araştırma, kontrol, test ve üretim kuruluşlarında yaptığı reorganizasyon sonucu, Ülkemizin Ege ve Akdeniz sularında araştırmalar yapmak üzere, Ağustos 1986 yılında Bakanlığa doğrudan bağlı bir kuruluş olarak kurulmuştur.
Resmi Gazete'nin 4 Aralık 2004 tarihli nüshasında yayınlanan ve Bakanlar Kurulu'nun 2004/8130 kararı gereğince: Antalya Kepez Su Ürünleri Üretme İstasyonu, Beymelek Su Ürünleri Üretim ve Geliştirme Merkezi ile Bodrum Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüklerinin kaldırılarak yerlerine; Akdeniz Su Ürünleri Araştırma Üretim ve Eğitim Enstitüsü Müdürlüğü (AKSAM) kurulmuştur.
Ayrı bir araştırma enstitüsü olarak, Türkiye iç sularında araştırmalar yapmak üzere, Ağustos 1986 yılında Bakanlığa doğrudan bağlı olarak kurulan, Nisan 1987 yılında faaliyete başlayan Eğirdir Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü; Bakanlığımızın yeniden yapılandırıldığı, 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Enstitü Müdürlüğümüze bağlanmıştır.
Söz konusu kararname ile Enstitünün adı Akdeniz Su Ürünleri Araştırma, Üretme ve Eğitim Enstitüsü Müdürlüğü şekline dönüştürülmüştür.
20.05.2013'te yayınlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile Eğirdir birimi Enstitümüzden Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak faaliyetlerine devam etmektedir.
