Resmi Gazete'nin 4 Aralık 2004 tarihli nüshasında yayınlanan ve Bakanlar Kurulu'nun 2004/8130 kararı gereğince: Antalya Kepez Su Ürünleri Üretme İstasyonu, Beymelek Su Ürünleri Üretim ve Geliştirme Merkezi ile Bodrum Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüklerinin kaldırılarak yerine; Ege ve Akdeniz bölgelerinden sorumlu Akdeniz Su Ürünleri Araştırma Üretim ve Eğitim Enstitüsü Müdürlüğü (AKSAM) kurulmuştur. 

Türkiye iç sularında araştırmalar yapmak üzere, Ağustos 1986 yılında Bakanlığa doğrudan bağlı bir kuruluş olarak kurulan ve Nisan 1987 yılında faaliyete geçen Eğirdir Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü, Bakanlığımızın yeniden yapılandırıldığı, 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Enstitü Müdürlüğümüze bağlanmıştır. Bu tarihten itibaren Enstitü bünyesinde iç sularda araştırma ve eğitim faaliyetlerini yürüten Eğirdir Birimi 2013/4934 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile doğrudan merkeze bağlı taşra teşkilatı olarak Isparta ili, Eğirdir ilçesinde Su ürünleri Araştırma İstasyonu Müdürlüğü şeklinde yapılandırılmış ve Enstitü ismi "Akdeniz Su Ürünleri Araştırma Üretme ve Eğitim Enstitüsü" olarak yeniden düzenlenmiştir. 

Akdeniz Su Ürünleri Araştırma Üretme ve Eğitim Enstitüsü Müdürlüğü (AKSAM), kurulduğu ilk günden itibaren, sürdürdüğü üretim ve balıklandırma faaliyetleri ve üstlendiği araştırma ve eğitim misyonu ile yürüttüğü çalışmalarla, ülkemizde su ürünleri sektörünün gelişmesine öncülük yapmakta ve katma değer oluşturmaktadır.

Enstitünün tarihsel şeması şekilde gösterilmiştir.