Akdeniz Su Ürünleri Araştırma, Üretim ve Eğitim Enstitüsünün temel gayesi: Çalışanlarının ve çalışma alanındaki farklı kitlelerin balıkçılık ve yetiştiricilik sahasındaki bilgi ve deneyimlerini arttırmak ve de geliştireceği / uygulayacağı yöntemlerle sektörün ilmi çercevede geliştirilmesine Bölgesel ve Ulusal anlamda perspektiv kazandırmaktır.

Genel Hedefler

• Üç tarafı denizlerle çevrili olan ülkemizin, deniz ve iç sularından balıkçılık ve yetiştiricilik yönünden faydalanırken; sürdürülebilir balıkçılık modellerinin geliştirilmesi, balık stoklarının ekonomik ve verimli şekilde kullanımı cihetinde yöntemler geliştirmek veya zeminler oluşturmak,
• Sektörün ihtiyaç duyduğu mesleki ve kişisel geliştirme konusunda Bakanlık mensupları balıkçılar, yetiştiriciler ve bu konuda öğrenim gören gençleri konularında pratik uygulamalar açısından teşvik etmek ve geliştirmeleri konusunda yardımcı olmak,
• Sektör için çalışanların doğa' dan yeterince istifade etmeleri ancak onunla dost olmaları ve bu anlamda ahlaki normları göz önünde bulundurmaları konusunda gerekli yönlendirmeleri eğitim süreçleriyle temin etmektir.

Araştırma Hedefleri

• Enstitümüzün belirlenen faaliyet alanlarına giren, deniz, acısu ve tatlısu ortamlarında oşinografik, limnolojik ve ekolojik çalışmalar yapmak,
• Ekosistemlerin ihtiyaç duyduğu proğram ve projelerle izleme çalışmalarını gerçekleştirmek
• Doğal ve baraj göllerinde göl yönetim modellerini oluşturma çalışmalarını yapmak,
• Göl ve akarsularımızda yapılacak biyoekolojik çalışmalarla populasyonu zenginleştirme ve kaynaklarımızı rehabilite etme,
• Bölgesel bazda balık sağlığının izlenmesi,
• Alternatif türlerin yetiştiriciliğe kazandırılmasına yönelik çalışmalar icra etmek,
• Ülkemiz balık yem hammaddelerinin ve alternatiflerinin besleme değerlerinin ortaya çıkarılmasına yönelik çalışmalar yapmak,
• Tüm bu çalışmaların sağlıklı bir şekilde araştırılması için gerekli laboratuarların kurulması,
• Su Ürünleri Sektörü ile işbirliği içerisinde bölgesel, ulusal hatta uluslararası ekosistem sorunlarına yönelik araştırmalar planlamak ve bu konulardaki araştırma projelerini gerçekleştirmek,
• Yukarıda sıralanan araştırma konularına ait elde edilecek sonuçların bilimsel nitelikli dergilerde veya çeşitli bilimsel toplantılar aracılığıyla ulusal veya uluslar arası platformlarda tartışmak ve kamuoyuna duyurmak,
• Kongre, Sempozyum, Çalıştay, Konferans ve Seminer gibi etkinlikler düzenlemek veya bunlara iştirak ederek, bilimsel tartışma ortamlarının zenginleşmesine katkıda bulunmaktır.

Üretim Hedefleri

• Enstitümüz bünyesinde üretimi yapılan deniz ve tatlısu balıklarının sağlıklı ve ekonomik olarak üreticilere intikalini sağlamak,
• Mevcut türlerin ıslahına yönelik çalışmalar yapmak,
• Bölgedeki İşletmelerin ekonomik ve teknik yönden verimliliklerinin tesbiti ve bu konuda üretimi arttırıcı çalışmaların üreticiye intikali,
•  Balıklandırma için kullanılacak türlerin tesbiti ve balıklandırma proğramlarını dünya standartlarında gerçekleştirme ve kayıt altına almak,
• Oluşturulacak gen bankalarından üretime yönelik sonuçlar çıkarmak,
• Pedigrileri belli akvaryum damızlık balıklarını üretmek ve üreticilerimize arz etmek. Böylece ithalatın önünü keserek, hem balık sağlığı yönünden ve hem de döviz tasarrufu açısından avantajlar sağlamaktır.

Eğitim Hedefleri

• Bölge sınırları içinde yer alan illerde çalışan Bakanlık mensupları, kendi çalışanları, balıkçılar, yetiştiriciler ve sektörle ilgili eğitim gören öğrenci kitlesine, sürdürülebilir  balıkçılık ve çevre bilinci içerisinde temel konulardaki standart perspektifleri öğretmek ve detaylı bilgilenme ile gözlem yapmalarına rehber olmak,
• Söz konusu kitlelere mesleki ve etik sorumluluk bilinci kazandırmak,
• Aynı hedef kitleye teknolojik gelişmeleri çeşitli eğitim proğramlarıyla intikal ettirmek,
•  Kurum personeline araştırma ve üretim çalışmalarında evrensel bilgiye ulaşmalarına katkı sağlayacak yabancı dil öğrenme ve kariyer yapma imkanlarını sağlamak,
• Kurum bünyesinde çalışanların bilim ve teknik anlamında rekabetçi, sosyal anlamda dayanışmacı, iyi eğitim almış, takım çalışması yeteneklerine sahip, çevreye duyarlı, sektörün gereksinimlerinin bilincinde olması konusunda eğitimli niteliğini kazanması için gerekli altyapı çalışmalarını yapmak,
• Çalışmalarına bilimsel ahlak, diğer hedef kitlelerine ise bilimsel çalışmalara iştirak konusunda gerekli eğitimi vermektir.​