Deniz Ürünleri Üretimi Alt Bölümü (Beymelek) ile İçsu Ürünleri Üretimi Alt Bölümü (Kepez) olmak üzere iki alt bölümden oluşmaktadır. Başlıca görevleri;

1. Deniz ve İçsu ürünlerinin yetiştiriciliğini yapmak
2. Yetiştiricilik tekniklerini geliştirmek, çevre dostu üretimle verimlilik artışı sağlamak,
3. Tüm su ürünleri gruplarında alternatif türleri kültüre alarak (ticari değeri olan veya nesli tehlikede olan türleri), araştırma sonuçlarını ve yeni geliştirilen teknikleri üretimin hizmetine sunmak,
4. Balık besleme konularında araştırmalar yapmak. Islah ve Genetik Bölümü işbirliğiyle ıslah çalışmaları yürütmek, balıklandırmada kullanılacak türlerin üretiminin gerçekleştirilmesi için gerekli yönlendirmeleri ve izlemeleri yapmak,
5. Birimlerin gerekli haftalık, aylık ve yıllık planların yapılmasını sağlamak,
6. Aylık faaliyet raporlarının hazırlamalarını sağlamak,
7. Her iki birimdeki faaliyetleri koordinatörlerle koordineli bir şekilde yürütmek.