Enstitü, Bakanlar Kurulunun 03 Haziran 2011 tarih ve 639 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin 12 maddesiyle Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğüne bağlı olarak deniz ve iç sular konusunda araştırma, üretim ve eğitim faaliyetlerini bir arada yürütmeyi amaçlayan bir kuruluştur.

28/11/2011 tarihli Bakanlık Oluru ile yürürlüğe giren “Tarımsal Araştırma Enstitüleri ve İstasyonları Görev Yönergesi" ve “Tarımsal Araştırma Yönetimi Uygulama Kılavuzu" kapsamında verilen görevler, 08.08.2018 tarih ve E.2277642 sayılı Genel Müdür Olur'u ile yeniden düzenlenmiştir. Bu kapsamda Enstitünün çalışma konuları aşağıdaki gibidir:

* ​​​Su Ürünleri Islahı ve Yetiştiriciliği

* Balıkçılık ve stok tespiti

* Sucul ekosistem ve çevresel izleme

* Su Ürünleri Sağlığı

* Su Ürünleri Besleme

* Alternatif tıp

* Balıklandırma amaçlı üretim

* Entegre su ürünleri sistemi

* Biyoçeşitlilik ve Genetik Kaynaklar

* Tarım Ekonomisi​