Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğüne bağlı olarak deniz ve iç sular konusunda araştırma, üretim ve eğitim faaliyetlerini bir arada yürütmeyi amaçlayan Enstitümüz deniz balıkları üretim ve araştırma altyapısının kurulu olduğu Demre Kampüsü ve tatlısu balıkları üretim ve araştırma altyapısının kurulu olduğu Antalya Kampüsü olmak üzere iki birimden oluşmaktadır.
Enstitünün başlıca çalışma konuları;
* Su Ürünleri Islahı ve Yetiştiriciliği
* Balıkçılık ve stok tespiti
* Sucul ekosistem ve çevresel izleme
* Su Ürünleri Sağlığı
* Su Ürünleri Besleme
* Alternatif tıp
* Balıklandırma amaçlı üretim
* Entegre su ürünleri sistemi
* Biyoçeşitlilik ve Genetik Kaynaklar
* Tarım Ekonomisi'nden oluşmaktadır.