Hasadı yapılmış ve hemen tüketilme imkânı olmayan kuru meyve, tahıllar, baklagiller, tütün ve tıbbi ve aromatik bitkiler gibi ürünlerin depolanması esnasında en az zarar ile uzun süreli muhafazası gerekmektedir. Bu ürünlerin ekonomik önemini kaybetmeden sağlıklı bir şekilde tüketiciye ulaştırılması hedef alınmaktadır. Bu aşamada Depolanmış Ürün Zararlıları birimi olarak hammaddeler dahil, yarı mamul ve mamulün sofraya ulaşıncaya dek biyotik (böcek, akar, fungus ve kemirgenler gibi) ve abiyotik (Nem ve ısı gibi) faktörlerden en az seviyede etkilenmesi için bilimsel araştırmalar yapılmaktadır. Bu kapsamda birim tarafından Kamu kurumları, Üniversite ve Özel Sektör ortaklığında çeşitli projeler yürütülmektedir.

Depolanmış ürün zararlıları birimi Kimyasal mücadele (insektisitler, fümigantlar vb), Fiziksel mücadele (diyatom toprağı vb), Biyopestisit uygulamaları (Bitkisel uçucu yağlar, ekstraktlar, mikroorganizmalar, entomopatojen organizmalar vb.), Değiştirilmiş atmosfer ve modifiye atmosfer uygulamaları (Karbondioksit ve Ozon vb.) gibi mücadele metotlarından sorumludur. Ayrıca araştırma, geliştirme ve uygulamalardan elde edilen verilerden yapılan yayınlar, bilim dünyası ile paylaşılmaktadır.