Bitkisel tohum, fide, fidan seçimi, üretim ile başlayıp toprak işleme, ekim-dikim, gübreleme, sulama, bitki patojenleri, yabancı otlar ve zararlı böcekler ile mücadele gibi işlemlerle devam etmekte olan bir süreçtir. Bu süreçlerde bitkilerde ortaya çıkan önemli sorunların başında, bitki hastalıklarının, zararlı böcekler ve yabancı otların yol açtığı ekonomik kayıplar yer almaktadır. Bu sorunlar; bitki gelişme koşullarının uygun olmaması, sağlıklı tohumluk, fide ve fidan seçiminde yeterli dikkatin gösterilmemesi, fide döneminden başlayarak hasada kadar geçen tüm dönemde karşılaşılan hastalıklar, yabancı otlar ve böcek zararlar verim kayıplarının artmasına sebep olmaktadır. Bitkilerde görülen bu sorunların yol açtığı kayıpları önlemenin yolu, bunlara karşı etkili bir mücadele programını oluşturmaktır. Bitkisel üretimde hastalık, zararlı ve yabancı otların doğru bir şekilde ve zamanında teşhis edilmeleri ve gerekli önlemlerin alınması tarımsal üretimde oldukça önemli olmaktadır. Bu kapsamda bitki sağlığı laboratuvarında bitki sağlığı ile ilgili araştırma projeleri yürütülmekte olup ayrıca enstitü bünyesindeki ürün gruplarında bitki örneklerinin hastalık, zararlı, yabancı ot tanıları ve gerekli durumlarda ilaç tavsiyeleri yapılmaktadır.