Ege Üniversitesi Bornova kampüsü içinde yer alan Zirai Araştırma Enstitüsü'nün alt yapısı, Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi'ne devredilmiş, görevlerini daha kapsamlı yürütmek üzere 1 Mart 1963'te Ege Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü kurulmuştur.

1 Temmuz 1964'te, hâlihazırdaki enstitü kampüsü içerisinde, F.A.O. ile Türkiye Cumhuriyeti hükümeti arasında imzalanan anlaşma gereği, Bitki Araştırma ve İntrodüksiyon Merkezi, enstitüyle birlikte çalışmalarına başlamıştır. Bu merkez, ülkemiz orijinli bitki genetik kaynaklarına ait materyalin toplanması, muhafazası ve değerlendirilmesi çalışmalarını yürütmüştür.

1967 yılında, Enstitü ve Introdüksiyon Merkezi birleşerek, Zirai Araştırma ve Introdüksiyon Merkezi adını almış, 1974-1987 tarihleri arasında, Ege Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü adıyla çalışmalarını sürdürmüştür.

1987 yılındaki yeniden yapılanmayla kuruluşun adı Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü'ne dönüşmüştür. Enstitü, halen Tarım ve Orman Bakanlığı'nın Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü bünyesinde çalışmalarını sürdürmektedir.