Ege Üniversitesi Bornova kampüsü içinde yer alan Zirai Araştırma Enstitüsü'nün alt yapısı, Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi'ne devredilmiş, görevlerini daha kapsamlı yürütmek üzere 1 Mart 1963'te Ege Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü kurulmuştur.

Söz konusu Enstitü, üniversite kampüs alanı içerisinde Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü (FAO) ile Türkiye Cumhuriyeti hükümeti arasında imzalanan anlaşma gereği, 1 Temmuz 1964'te Bitki Araştırma ve İntrodüksiyon Merkeziyle birlikte çalışmalarına başlamıştır. Bu merkez, ülkemiz orijinli bitki genetik kaynaklarına ait materyalin toplanması, muhafazası ve değerlendirilmesi çalışmalarını yürütmüştür.

1967 yılında, Enstitü ve İntrodüksiyon Merkezi birleşerek, Zirai Araştırma ve İntrodüksiyon Merkezi adını almış ve 1974-1987 tarihleri arasında, Ege Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü adıyla çalışmalarını sürdürmüştür.

1987 yılındaki yeniden yapılanmayla birlikte kuruluşun adı Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü'ne (ETAE) dönüşmüş olup halen Tarım ve Orman Bakanlığı'nın Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü bünyesinde çalışmalarını sürdürmektedir.​