​Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı politikalarına uygun olarak öncelikle bölgesel olmak üzere ülkesel ve küresel tarım ve doğa sorunlarına çözüm üreten, uygulanabilir projeleri diğer bölge - ülke kuruluş ve araştırma enstitüleri ile işbirliği içinde yürüten, ulusal- uluslar arası eğitim-yayım ve bilimsel yayın faaliyetleri ile sonuçlarını duyuran ve uygulama aşamasında danışmanlık yapan, özellikle bitki genetik kaynakları konusunda proje yürüten, sorumluluk alanı içerisinde üstün verimli, kaliteli, biotik ve abiotik stres koşullarına dayanıklı çeşitler geliştiren, genetik kaynakların korunması ve kullanımını sağlamak başta olmak üzere uluslar arası bir araştırma enstitüsü olmayı hedeflemiştir.​