Kurumumuz bünyesinde yer alan Fitopatoloji laboratuvarında, bitkiler üzerinde hastalıklara yol açan bakteriyel, fungal ve viral etmenlerin izolasyonu yapılmaktadır.
Hastalık etmenlerine karşı yoğun pestisit kullanımının insan ve çevre üzerinde olumsuz yan etkileri oldukça fazladır. Bu durum araştırmacılarımızı, pestisit kullanımını azaltma yönünde çalışmalara yoğunlaştırmıştır. Araştırmacılarımız, meyve ve sebze üzerinde ekonomik zararlara yol açan Bakteriyel ve Fungal etmenlerine karşı çevre dostu mikroorganizmalar kullanarak mücadele olanaklarını araştırmaktadır.  Bu araştırmalar sayesinde üreticilerimizin daha az kimyasal kullanarak daha çok verim elde etmesi amaçlanmaktadır. Ayrıca Kurumumuzda devam eden ıslah projeleri kapsamında patojenisite testlemeleri yapılmaktadır. Elde edilen ıslah materyallerinin hastalıklara karşı dayanıklılık durumlarını klasik yöntemlerle belirleme çalışmaları da yapılmaktadır.