Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü, 1944 yılında kurulan “Alata Teknik Bahçıvanlık Okulu“ bünyesinde 02.11.1967 tarihli Makam oluru ile “Bölge Bağ-Bahçe Araştırma Enstitüsü“ adı altında kurulmuş ve 01.03.1972 tarihinde Enstitü ve Okul birleştirilerek “Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü ve Ziraat Meslek Okulu” adını almıştır. Daha sonra 09.04.1974 tarihinde Enstitü ile Okul tekrar ayrılarak, Enstitünün adı “Bahçe Kültürleri Araştırma ve Eğitim Merkezi“ olarak değiştirilmiştir. 1981 yılı Eylül ayında Tarım Meslek Lisesi kapatılarak bu kuruluşun personel ve mal varlıkları Araştırma Enstitüsüne devredilmiştir. 1985 yılında Enstitü sahası içerisinde bulunan Eğitim ve Dinlenme Tesisleri hizmete girmiştir.

Bakanlığımız Teşkilat ve Görevleri hakkındaki 3161 sayılı Kanun çerçevesinde Bakanlığımız Araştırma kuruluşlarının teşkilat ve çalışma esaslarını düzenleyen 01/08/1986 tarihli Makam Oluru ile “Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü“ adını almıştır, 26.02.1998 tarihinde ise Kuruluşumuz “Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü” olarak ad değişikliğine gitmiştir.

Son olarak ise, 2011 yılında Tarsus Toprak Su Kaynakları Araştırma Enstitüsü’nü bünyesine katıp “Alata Bahçe Kültürleri Araştırma İstasyonu” adını alarak daha güçlü bir şekilde çalışmalarına devam etmektedir, keza Tarsus Toprak Su Kaynakları Araştırma Enstitüsü köklü bir geçmişe sahiptir.  1947 yılında 437 dekar arazi üzerinde “Alifakı Sulu Ziraat Deneme İstasyonu” olarak kurulan kurum, 1956 yılında “Tarsus Sulu Ziraat Araştırma Enstitüsü, 1971 yılında Tarsus Araştırma Enstitüsü, 1985 yılında Köy Hizmetleri Tarsus Araştırma Enstitüsü ve 2005 yılında ise Toprak ve Su Kaynakları Araştırma Enstitüsü adı altında varlığını sürdürmüş ve 2011 yılında bu iki kurum güç birliğine gitmiştir.

23.6.2015 tarihinde Bakanlar Kurulu Kararı ile İstasyon ismi Enstitü olarak değiştirilmiş ve kurumumuz Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü - Mersin olarak isimlendirilmiştir.