1987 yılında "Trabzon Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü" adıyla kurulan Enstitümüz, 1988 yılından itibaren uygulamalı araştırma faaliyetlerine başlamıştır. 1998 yılında Bakanlık Makamının olurlarıyla Merkez Enstitü statüsü kazanarak bölgesel bazdaki görevleri ülkesel düzeye getirilmiş ve ismi "Su Ürünleri Merkez Araştırma Enstitüsü - Trabzon" olarak değişmiştir.

    Ülkemizde su ürünleri ile ilgili her türlü araştırmayı yapmak ve yaptırmak görevi Tarım ve Köyişleri Bakanlığına verilmiştir. (1380 sayılı Su Ürünleri Kanunu ve bu kanunun bazı maddelerinin değişmesine ilişkin 3288 sayılı kanunun 14. Maddesi). Enstitümüzün kuruluş amacı; özellikle Karadeniz Bölgesinde ve Türkiye genelinde deniz ve içsularda su ürünleri ile ilgili araştırmalar yapmak ve araştırma sonuçlarının uygulamaya aktarılmasını sağlamaktır. Sorumluluk alanı Karadeniz, Marmara ve Kuzey Doğu Anadolu bölgelerinde yer alan su kaynaklarıdır.
    Enstitü  faaliyetleriyle, hem bilimsel alanda özgün çalışmalar ortaya konulmakta, hem de su ürünleri avcılığı ve yetiştiriciliği ile uğraşanlara pratik, uygulanabilir ve ekonomik yönü olan bilgi sunularak, ülke ve yöre gelişimine katkı sağlanmaya çalışılmaktadır. Ayrıca, çalışmalar sonucunda elde edilen veriler ışığında, avcılık ve yetiştiricilik teşvikleri ile av yasakları hakkında, karar vericilere yardımcı olunmaktadır.