Balıkçılık Yönetiminin Görevleri: Denizlerimiz (Karadeniz ve Marmara Denizi) ve iç sularımızda ekonomik öneme sahip türlerin stoklarının tahmini, Önemli türlerin biyo-ekolojik özelliklerinin belirlenmesi, Besin dinamiği, türler arasındaki prey-predatör ilişkisi, Önemli ekonomik türlerin balıkçılık biyolojisi yönünden incelenmesi, Av araçlarının zararlı etkilerinin azaltılmasına yönelik araştırmalar, Kıyı yapıları ve akarsu yatakları üzerinde yapılan HES vb. yapıların balıkçılık-çevre etkileşimi açısından incelenmesi, Projeler kapsamında balık markalama ve bu yöntem ile göç yollarının belirlenmesi ve göç sahalarının tespiti. Ayrıca bakanlık tarafından bilgi istenilen konularda araştırmalar yapılmaktadır. Enstitünün kuruluşundan beri bölümümüzde ulusal (Tagem,Tübitak,Bap, Kalkınma ajansı, Kalkınma Bakanlığı, Kamu Özel Sektör İşbirliliği), Uluslar arası ve AB  projeleri yapılmaktadır.

Biten AB projeleri;

İnsan Faaliyetlerinin Ekosisteme Etkisi

Oşinografik Tabanlı Kısa Vadeli Balıkçılık Tahmin Uygulamaları

AB Katılım Öncesi Mali Yardım Programı Sınır Ötesi İşbirliği Projesi.

Balıkçılığın Bentik Ekosisteme Etkisi

Devam eden uluslararası projeler;

The Food and Agriculture Organization of the United Nations ("FAO") under project MTF /INT/943/MUL – Baby 31 'Select activities of the strategies towards the sustainability of fisheries and sustainable aquaculture development implemented in the Mediterranean and the Black Sea' kapsamında "Rapa Whelk research surveys in the eastern coastal waters of Turkey"

(IFISH) Balıkçılık Faaliyetlerinde Stok Değerlendirme Uygulamaları

Bağlı Birimler:

Sürat Araştırma 1:

Proje çalışmaları kapsamında örnek temini için her türlü av aracı ile donatılarak çalışmalar yapar, ayrıca Enstitünün diğer bölümleri için yapılan çalışmalarda kullanılır.

Sürat Araştırma 3:

Sık zamanlı ve yakın mesafelerdeki örnekleme çalışmalarında tüm bölümler tarafından kullanılır.

Biyoloji Laboratuarı:

Islak laboratuar olarak da adlandırılan laboratuarımızda aşağıdaki araştırmalar yapılmaktadır.

Biyometrik ölçümler: boy ve ağırlık ölçümü, cinsiyet tayini, gonad gelişim safhası, histoloji çalışmalarına yönelik örneklemeler,

Morfometrik ölçümler: Proje çalışmaları kapsamında türlerin belirlenmesine yönelik olarak balık sistematiğinde belirtilen koşullar doğrultusunda yapılan çalışmalar,

Bentik çalışmaları: Makro düzeydeki bentik organizmaların tespiti, biyolojik çeşitlilik, ekolojik kalite

İhtiyoplankton çalışmaları: Saha çalışmalarında örneklenen numuneler içinde yer alan türlerin yumurta ve larva sayılarının tespiti,

Yaş okuma çalışmaları: Projeler kapsamında üzerinde çalışma yapılan türlerin yaş tespitine yönelik çalışmalar.