JICA desteğinde alımı yapılan cihazlar ile alt yapısı tamamlanan işleme ve değerlendirme laboratuvarı 2002 yılında kurulmuştur. Kalkan balığında (Psetta maxima) ticari yem geliştirilmesi amacıyla ihtiyaç duyulan protein, yağ, vb. analizlerin yürütüldüğü laboratuvar 2005 yılından itibaren diğer araştırma projeleri için de kullanılmaya başlanmıştır. 2009 yılında TÜBİTAK Kamu Araştırma projesi olarak Bakanlığa bağlı kurumların işbirliğindeki “Ulusal Gıda Kompozisyonunun Belirlenmesi Ve Yaygın Sürekli Paylaşım Sisteminin Oluşturulması” başlıklı proje yürütülmeye başlanmıştır.

Balıkçılık Yönetimi Bölüm Başkanlığı’na bağlı olarak yürütülen çalışmaların 2009 yılından sonra artan yoğunluğu nedeniyle, yeni bir bölüm başkanlığına ihtiyaç duyulmuş ve İşleme Değerlendirme Bölümü yeni bir bölüm olarak çalışmalarına devam etmiştir.

Ham yağ, ham kül, nem, ham protein, dondurarak kurutma analizleri yapılmaktadır. 

Trimetil amin (TMA-N), Tiyobarbutirik asit (TBA), Total Volatil Baz (TVB-N) gibi biyokimyasal kalite parametrelerini belirleyen analizlerle birlikte, organoleptik (duyusal) analizler de yapılmaktadır.

Yağ asitleri ve Kolesterol analizi yapılmaktadır.