Müdürlüğümüz 1952 yılında "Eğirdir Fidanlık Müdürlüğü" olarak kurulmuştur. 1966 yılında "Ziraat Meslek Lisesi", 1981 yılında "Bahçe Kültürleri İstasyonu" ve 1986 yılında "Üretme İstasyonu" olarak muhtelif isim ve görevlerle faaliyetine devam etmiştir. 04.05.1994 tarihli Bakanlık Oluru ile "Eğirdir Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü"ne dönüştürülerek Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğüne bağlanmış ve ılıman iklim meyve türleri üzerinde araştırmalar yapmakla görevlendirilmiştir.
2011 yılında Bakanlığımızın yeniden yapılandırma sürecinde ismi "Meyvecilik Araştırma İstasyonu Müdürlüğü" olarak revize edilmiştir. Son olarak 23.06.2015 tarih ve 2015/7706 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile "Meyvecilik Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" ismini almış olup Tarım ve Orman Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak faaliyetlerine bu isim altında devam etmektedir.
1952 - 1966 Eğirdir Fidanlık Müdürlüğü
1966 - 1981 Ziraat Meslek Lisesi
1981 - 1986 Bahçe Kültürleri İstasyonu
1986 - 1994 Üretme İstasyonu
1994 - 2011 Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü
2011 - 2015 Meyvecilik Araştırma İstasyonu
2015 - … Meyvecilik Araştırma Enstitüsü