1. Islah ve Genetik 
   
2. Yetiştirme Tekniği ve Teknolojileri 
   
3. Bitki Sağlığı 
   
4. Gıda Teknolojileri 
   
5. Ekonomi ve İstatistik ​
   
6. Bitki Besleme ve Toprak-Su Kaynakları Bölümlerinden oluşmaktadır.
   

​Müdürlüğümüzde; zeytincilik, zeytinyağı ve sofralık zeytin teknolojisinde veri toplamak ve değerlendirmek, temel ve stratejik araştırmalar yapmak, Türkiye ve diğer zeytinci ülkelerdeki zeytin genetik kaynaklarının toplanması, muhafazası ve değerlendirilmesi konusunda çalışmalar yapmak. Yurtiçi ve yurtdışında sektörün ihtiyacı olan yeni zeytin çeşitlerinin elde edilmesine yönelik ıslah programları geliştirmek. Zeytin genomunun haritalamasına yardımcı olmak ve kantitatif karakter lokuslarının belirlenmesine yönelik çalışmalar yapmak, 

Zeytinde bölgesel ve ulusal alanda bitki sağlığı konularında; insanı, doğal dengeyi ve çevreyi korumaya yönelik proje çalışmalarına ağırlık vermek, zeytin hastalık ve zararlılarının biyolojileri, yayılışları, doğal düşmanları, çeşit hassasiyetleri ve mücadele yollarının geliştirilmesi konularında çalışmalar yapmak, 

Müdürlüğümüz özel sektör ve üniversitelerle işbirliği halinde sofralık zeytin ve zeytinyağı sektörünün çağdaş bir anlayış içerisinde yeni teknolojileri uygulayabilecek bir seviyeye gelmesini sağlamak, sektörü bu konuda geliştirmek, aydınlatmak, daha kaliteli standartlara uygun üretim yapmasını, tüketicinin zeytin konusunda ki bilincini geliştirerek daha kaliteli zeytin ve zeytinyağı tüketmelerini sağlamak, sofralık zeytin ve zeytinyağı teknolojisi ile ilgili araştırma, yayın, makale ve rapor düzenlemek, seminerler, kurslar veya aynı amaçla kurum dışında organize edilen seminerlere tebliğli katılım sağlamak, stajyer eğitimi, bilirkişi raporlarının düzenlenmesi, çeşitli kişi ve kuruluşların sektörle ilgili bilgi taleplerine cevap vermek, sofralık zeytin ve zeytinyağı analizleri konusunda akredite olmak, müdürlüğümüz araştırma ve üretim sahasından elde edilen zeytinlerin sofralık ve yağlık olarak işlenmesini sağlamak ve satışa hazır hale getirmek, TÜRK Gıda Kodeksi ve Türk Standartlarına uygun olarak zeytin ve zeytinyağlarında kalite ve saflık analizlerini içeren fiziksel, kimyasal, mikrobiyolojik ve duyusal analizler yapmak, 

Zeytin yetiştiriciliği ve teknolojileri konularında, zeytin bitkisini konu alan alt dallarda araştırma uygulama çalışmalarını organize etmek ve yürütmek, bu konularda eğitim faaliyetlerinde bulunmak, genel yetiştiricilik ve üretim teknikleri, Bitki besleme fizyolojisi, Stres fizyolojisi, Tarımsal mekanizasyon, Tarımsal yapılar ve sulama, Hasat ve hasat sonrası fizyolojisi, Bitki biyoteknolojisi konularında çalışmalar yapmak, Müdürlüğümüz bu görevlerinin dışında, fidancılık yapmak isteyen resmi ve özel kuruluşlar ile üreticilere sertifikalı damızlık materyal temini ile görevli olup; bu görev çerçevesinde, belirli standart zeytin çeşitlerinden fidan üretimi yapmak, 

Zeytin ekonomisine yönelik araştırma, yayın, makale, kitap ve raporlar hazırlamak, Üretim maliyetlerini oluşturmak, DPT ve Özel İhtisas Komisyonu çalışmalarına katılmak, çalışmalara kaynak olacak istatistiki bilgi ve diğer verilerin derlenmesine yönelik “veri tabanı” çalışmaları yapmak, 

Toprak ve bitki analiz laboratuvarlarında zeytinin yanı sıra turunçgil, sert ve yumuşak çekirdekli meyveler, bağ, tarla bitkileri, açıkta ve serada sebze, çim ve süs bitkilerinde toprak ve yaprak analizleri yapılarak üreticilere bilimsel verilere dayalı, etkin ve ekonomik gübrelemeyi sağlamak amacıyla gübre tavsiyelerinde bulunmak, Sulama suyu analiz laboratuvarında kalite paramatreleri analiz edilen suların uygunlukları toprak özellikleri ve bitki gelişimi açısından değerlendirmek, Gübre Analiz Laboratuvarında, gübre analizleri ile piyasadaki gübrelerin içerik ve etiket bilgilerinin doğruluğunu belirlemek için çalışımalar yapmak ve gübre analizleri konusunda akredite olmaktır.