Sadrazam Kamil Paşadan İzmir Valisi Kazım DİRİK Paşaya intikal eden bugünkü Müdürlüğümüz arazisi, zeytin fidanı yetiştirmek üzere Özel İdare tarafından satın alınarak Türkiye de ilk defa çekirdekten zeytin fidanı yetiştirilmesi gayesi ile "Zeytincilik İstasyonu" adı altında 1937 yılında faaliyete geçmiş ve Kuruluşunun 4. Yılında fidan dağıtımına başlanmıştır. l945 yılında "Bahçe Kültürleri İstasyonu" adını alan Kuruluş l950 yılına kadar dar kadrosuyla fidan yetiştirmeye devam etmiştir.
1950 yılında çıkan bir kanunla kurulan "Türkiye Zeytincilik Teşkilatı" tamamen buraya bağlanarak "Zeytincilik Enstitüsü" adını almıştır.
1965 -1970 yılları arasında Eğitim Merkezi ve Laboratuarlar kurulmuş, 1967-1968'de Kemalpaşa'da kamulaştırılan yaklaşık 550 dekarlık arazi de bünyeye katılarak, kuruluşun imkanları geliştirilmiştir.
Tarım Bakanlığı'nın 1971 yılındaki kararı ile "Zeytincilik Araştırma Enstitüsü " adını alan kuruluş, Ülkemizle Birleşmiş Milletler Kalkınma Programı (UNDP) ve Gıda Tarım Organizasyonu (FAO) teşkilatları arasındaki anlaşma gereğince, teknik imkanlarını geliştirerek her türlü araştırma ve eğitim çalışmalarını yapabileceği ileri bir düzeye ulaşmıştır.
09.06.2011 tarihinde Bakanlığımızdaki yeniden yapılanma sonucunda kurumumuzun adı "Zeytincilik Araştırma İstasyonu Müdürlüğü" olarak değiştirilmiştir.