Bakteriyoloji laboratuvarı 1960'lı yılların başında kurulmuş olup altyapı ve bilgi birikimi açısından güçlü bir birimdir. Laboratuvar ekipmanları her türlü bitkisel materyalde bitki patojeni bakterilerin tespit ve tanısı için yeterlidir. Tespit ve tanıda gelişmiş ülkelerde uygulanan klasik, biyolojik, serolojik (ELISA, IFAS) ve moleküler (PCR) yöntemler kullanılmaktadır. Gelişen teknolojiye ayak uydurmak amacıyla laboratuvar çalışanları ulusal ve uluslar arası laboratuvarlarda periyodik eğitimler almışlardır. Bazı bakteriyel etmenlerin ülke için ilk tespitleri laboratuvar teknik elemanları tarafından gerçekleştirilmiştir.
Laboratuvarın faaliyetleri ve görevleri arasında aşağıdaki konular yer almaktadır:
Laboratuvar çalışanları Tarım ve Orman Bakanlığı destekli projelerin yanı sıra AB'ye uyum çerçevesinde yürütülen Twining projesi ve TUBİTAK, DPT gibi dış kaynaklı projelerde aktif olarak görev almıştır.
Laboratuvarda yürütülen araştırma konularından bazıları aşağıda verilmiştir.
- Ateş Yanıklığı (Erwinia amylovora) hastalığının yaygınlığı, çeşit reaksiyonları, kimyasal ve entegre mücadelesi, tahmin uyarı modelleri;
- Kök kanseri (Agrobacterium tumefaciens)'in biyolojik kontrolü,
- Asma kök uru (Agrobacterium vitis)'in çeşit reaksiyonları,
- Domates öz nekrozu hastalığının etiolojisi, çevresel faktörlerin etkisi, çeşit reaksiyonları ve mücadelesi,
- Domates ve patateste Ralstonia solanacearum etmeninin Ege bölgesindeki durumunun belirlenmesi vb.
Yapılan çalışmalar sonucunda bakteriyel hastalıkların mücadelesine yönelik önemli bulgular elde edilmiş ve pratiğe verilmiştir. Laboratuvarın öncülüğünde 2009 yılında EPPO (Avrupa ve Akdeniz Bitki Koruma Örgütü)'nün Bakteriyel Hastalıklar Paneli ve Avrupa Fitobakteriyologlar Birliği toplantısı Enstitüde düzenlenmiştir.