Meyve ve Bağ Zararlıları Laboratuvarı, 1931 yılından beri Ege Bölgesi'nin önemli ürün gruplarında görülen zararlılar ile ilgili çalışmalar yürütmektedir. Yapılan çalışmalar sonucunda; başta elma, turunçgil, zeytin, şeftali, kiraz ve incir olmak üzere bir çok üründe önemli bulgular elde edilmiş ve uygulamaya verilmiştir. Elde edilen veriler ışığında entegre mücadele projeleri yapılmış ve tahmin uyarı uygulamaları bölge çiftçilerine aktarılarak pestisit kullanımı en aza indirilmiştir. Dünyada yapılan güncel araştırmalara paralel biyoteknik, biyolojik mücadele ve organik tarım çalışmaları yapılarak bölge çiftçisine aktarılmıştır. Şu an itibariyle başta İhracatçı Birlikleri ve üniversiteler olmak üzere birçok kurumla işbirliği halinde projeler yürütülmektedir. Türkiye'nin Akdeniz meyvesineği ile bulaşık olması nedeniyle başta Japonya olmak üzere Uzakdoğu ülkeleri Türkiye'den hiçbir yaş meyve ve sebze almamaktadır. İhracatçı Birlikleri desteğiyle Enstitümüz Meyve ve Bağ Zararlıları Laboratuvarı tarafından yürütülen araştırmalar 2009 yılında sonuçlanarak 2010 yılında ihracat başlamıştır. Bornova Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü'nün yaptığı bilimsel çalışma Türkiye'de bir ilk olup tüm ülke yararına sonuçlanmıştır.
Bağ Zararlıları ile ilgili Salkım güvesi, bağ thripsleri, kırmızı örümcekler, maymuncuk, unlubit gibi mücadele edilmediğinde ürün alınmasını engelleyen ve üreticiyi ekonomik anlamda zarara uğratan bağ zararlılarının biyolojisi, doğal düşmanları, yayılışı, zararı ve mücadelesi konularında çalışılmış; elde edilen sonuçlar uygulamaya aktarılmıştır. Ayrıca laboratuvarın çalışma konusu olan üzümsü meyvelerden çilek alanlarındaki faunistik çalışmalar tamamlanmış, çileklerde zararlı Maymuncuk türlerinin biyolojileri, zarar şekli ve biyolojileri üzerine etki eden abiyotik faktörler incelenmiştir. Münferit bitki koruma projelerinin yanı sıra yetiştirici kuruluşlarla işbirliği yapılan Organik Sultani Çekirdeksiz Üzüm Yetiştiriciliği ve Organik Şaraplık Üzüm yetiştiriciliği projelerinde bağ zararlılarının yönetimi ve popülasyon değişimleri konusunda görev alınmıştır. Ana zararlı olan Salkım güvesi' ne karşı Tahmin-Uyarı Sistemi uygulamaya aktarılmıştır. Yumurtaya etkili preparatların Tahmin-Uyarı sistemi içerisinde kullanım zamanı pratiğe verilmiştir. Çevre dostu Bacillus thuringiensis'li preparatların Ege Bölgesi'nde Salkım güvesi mücadelesinde ilk kez kullanım zamanı, uygulama şekli ve dozu belirlenmiştir. Bağ maymuncukları ile kimyasal mücadeleye alternatif mekanik mücadele metodu uygulamaya verilmiştir. Salkım güvesi ile mücadelede insektisit kullanımına alternatif bir yöntem olan çiftleşmeyi engelleme tekniği başarılı bulunarak ilk kez uygulamaya aktarılmıştır. Bu projenin devamı niteliğinde çiftleşmeyi engelleme yöntemi Ege Bölgesi'nde özellikle organik üzüm yetiştiriciliği yapan üretici ve firmalarla işbirliği içerisinde toplam 7000 da alana yaygınlaştırılmıştır. Tüm araştırma çalışmalarının sonuçları baz alınarak 1995 yılından itibaren bağda Entegre mücadele projesi yürürlüğe konmuştur. Bu projenin 5'er yıllık 3 dilimi uygulama kuruluşları ile işbirliği içinde yürütülmüştür. Araştırma projelerinden elde edilen yeni bulgulara da Entegre mücadele programlarında yer verilmektedir. "Manisa ve İzmir ili Bağ Alanlarında Salkım güvesi'nin Doğal Düşmanlarının ve Doğal Etkinliklerinin Belirlenmesi Projesi" ele alınmış, proje kapsamında yumurta parazitoiti Trichogramma euproctidis ve T. brassicae ilk kez zararlının yumurtalarında saptanmıştır.
Karantina zararlısı Çiçek thripsi'nin İhracat sırasında meyve ve sebzelerde saptanması durumunda bulaşık ürünlerin dönmesi ve ülkemizin ihracatının engellenmesi nedeniyle yaşanan sıkıntılar üzerine yürütülen "İhracata Yönelik Sofralık Üzüm ve Çilekte Sorun Olan Frankliniella occidentalis'in Depo Koşullarındaki Mücadelesi Projesi" kapsamında, Yuvarlak Çekirdeksiz üzüm ve Camarosa çilek çeşidinde fosfin (PH3) gazının zararlının tüm biyolojik dönemlerinde %100 ölüm meydana getirdiği doz ve süresi belirlenmiştir. Bu çalışmadan elde edilen veriler ışığında 'Depolanan yaş meyve ve sebzede Frankliniella occidentalis Pergande (Thysanoptera: Thripidae) için fumigasyon standart ilaç deneme metodu' hazırlanmıştır