Bornova Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Türkiye'nin en önemli ihracat-ithalat kapısı ve önde gelen liman şehirlerinden İzmir'in o dönemde küçük bir banliyösü olan Bornova'da 15 Şubat 1931'de "Garbi Anadolu Emraz ve Haşarat Mücadele İstasyonu" adıyla çalışmalarına başlamıştır.
Birinci Dünya Savaşı sırasında meydana gelen çekirge salgını ile mücadelede çekirge zabiti olarak görevlendirilen ve ihtisasını Almanya'da yapan, aynı zamanda Tarım Bakanlığı görevini de yürüten Nihat İYRİBOZ tarafından kurulmuştur.
ornova Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, kuruluşundan günümüze kadar geçen süre içinde, devamlı gelişme göstermiş, ülkemiz ve dünyadaki zirai mücadele hizmetlerinde isimleri daima hatırlanacak değerli araştırmacıların görev yaptığı bir bilim yuvası niteliğini sürdürmüştür. Kurumda çalışan değerli bilim adamlarının bir kısmı, zamanla Türkiye'nin değişik bölgelerinde açılan Zirai Mücadele Araştırma Enstitüleri'nin kuruluşlarını gerçekleştirmiş, yine Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi'nin kuruluş yıllarında Bitki Koruma Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev almışlardır. Türkiye'nin ilk zirai ilaç fabrikası Bornova'da kurulmuş ve kuruma bağlı olarak bir süre çalışmıştır.
Kuruluşundan itibaren hızla gelişen ve güçlenen istasyon, 1963 yılında "Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü" adını alarak enstitüye dönüşmüş, 1969 yılında bölgesel özelliği dikkate alınarak adı 'Bornova Bölge Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü' olmuştur. Tarım, Orman ve Köyişleri Bakanlığı'nın 01.08.1986 tarihinde gerçekleştirilen yeniden yapılanması çerçevesinde, Türkiye'de görevlendirilen Adana, Ankara, Diyarbakır ve İzmir'deki enstitülerden birisi olarak 'İzmir (Bornova) Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü' adıyla Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'na doğrudan bağlı, bölgesel fonksiyonda bir kuruluş statüsü almıştır.
Enstitümüz, 2011 yılında Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'nın yeniden yapılanma çalışmaları sonucunda Zirai Mücadele Araştırma İstasyonu Müdürlüğü ve 2015 yılında tekrar Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü-Bornova adını almıştır.