Müdürlüğün üzerinde kurulduğu arazi 2 Mayıs 1930 tarihinde Türkiye Tiftik Cemiyeti tarafından satın alınır. Burada yetiştirilen tiftik tekeleri Ankara Keçisi yetiştiricilerine dağıtılır. Böylece ilk tiftik keçisi ıslah çalışmaları da başlatılmış olur. 17.07.1951 tarihine kadar Türkiye Tiftik Cemiyeti bu görevine devam eder ve bu tarihte arazi ve binalar, Ankara Keçisi yetiştiriciliği ve tiftik ıslahı çalışmalarına devam etmesi koşuluyla, Tarım Bakanlığına devredilir. Tarım Bakanlığı burada Çifteler Harasına bağlı olarak aygır deposu ve tiftik keçisi numune ağılını kurarak tiftik keçisi ıslah çalışmalarını devam ettirir. 1957 yılında ismi değiştirilerek Lalahan Zootekni Araştırma Enstitüsü adını alır ve doğrudan Tarım Bakanlığına bağlanır.
Müdürlük Nisan 1959 tarihinde kendi adını taşıyan Lalahan Zootekni Araştırma Enstitüsü Dergisini yayınlamaya başlar.Müdürlükte, yapılan araştırmalara materyal sağlamak ve çevredeki yetiştiricilerin damızlık taleplerini karşılamak üzere 13.05.1960 tarih ve 7473 sayılı kanun ile Müdürlük bünyesinde döner sermayeli Lalahan Yetiştirme ve Deneme Çiftliği kurularak Enstitü iki isimle çalışmalarına devam eder. Sonraki yıllarda Müdürlükte, hayvancılık birimleri çoğaltılıp alt yapı geliştirilerek Ankara Keçisi ve tiftik araştırmaları yanında koyun yetiştiriciliği, sığır yetiştiriciliği, tavuk yetiştiriciliği, hayvan besleme, suni tohumlama ve embriyo transferi konularında araştırmalar da yapılmaya başlanır. Müdürlük 1986 yılına kadar Lalahan Zootekni Araştırma Enstitüsü adıyla görevine devam eder. 1986 yılında çıkan bir yasayla adı Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü olarak değiştirilir. Müdürlük, 1998 yılında Hayvancılık Merkez Araştırma Enstitüsü olarak görevlendirilir. 2015 yılında Uluslararası Hayvancılık Araştırma ve Eğitim Merkezi olarak ismi ve misyonu değişmiştir.MÜDÜRLÜĞÜN KURULUŞ AMACI
Türkiye, sayısal bakımdan çok fakat, verimleri bakımından düşük olan hayvan varlıklarına sahiptir. Müdürlüğümüz, hayvancılıktaki bu verim düşüklüğünü gidermek için ülkesel bazda veri toplayarak değerlendirmek, temel ve stratejik araştırmalar yapmakla görevlidir. Bu çalışma konularında laboratuvar altyapısını geliştirmekte ve imkanlar dahilinde diğer kuruluşlara yardımcı olmaktadır. Araştırıcıların ve yayımcıların eğitimini yaptırmak, bilimsel toplantılar düzenlemek, kongre, sempozyum ve panel gibi organizasyonlar düzenlemek, araştırma sonuçlarının kullanıcılara ulaştırılmasını sağlamak da Müdürlüğün görevleri arasındadır.Bu amaçların yerine getirilebilmesi için Müdürlük bünyesinde, Üretim ve İşletme, Islah ve Genetik,Yetiştirme Tekniği, Yemler ve Hayvan Besleme, Biyoteknoloji, Eğitim Yayım bölümleri kurulmuştur.