Sığırlarda bakım, besleme, yetiştirme teknikleri ve verimlerle ilgili araştırmalar bu şubede yapılmaktadır. Şubenin hayvan varlığını Siyah-Alaca, Esmer, Simental ve Yerli Kara ırkları oluşturmaktadır. Araştırmalar Siyah-Alaca, Esmer ve Simental ırkları üzerinde yürütülmektedir.

Yerli Kara Sığırlar Türkiye yerli evcil hayvan genetik kaynaklarını koruma projesi kapsamında genetik kaynak olarak muhafaza edilmektedir. Şubede 250 başlık 4 ahır bulunmakta, ancak hayvanlar yılın bütün mevsimlerinde yarı açık padoklarda barındırılmaktadır. Sağım tam otomatik ve bilgisayarlı sistemle yapılmakta, aynı anda 10 baş hayvan sağılabilmektedir.

Yerli Kara Gen Kaynağı Projesi ve Yerli Kara Sığırlarının Halk Elinde Koruma projesi şube teknik personeli tarafından takip edilmektedir.

Koyunlarda ve Ankara Keçilerinde bakım, besleme, yetiştirme teknikleri, ıslah ve verimlerle ilgili araştırmalar bu şubede yürütülmektedir. Şubede Ankara Keçisi, Akkaraman koyunları ve Lalahan tipi (Kıvırcık x Akkaraman melezi) koyunlar bulunmaktadır.

Ankara Keçileri Türkiye yerli evcil hayvan genetik kaynaklarını koruma projesi kapsamında genetik kaynak olarak muhafaza edilmektedir. Hayvanlar 800 başlık 3 ağılda barındırılmaktadır. Ankara Keçisi Gen Kaynağı Projesi,  Ankara Keçisinin Halk Elinde Koruma projesi, Ankara Keçisinin Halk Elinde Islahı Projesi ve Karagül Koyununun Halk Elinde Koruma projesi şube teknik elemanlarınca takip edilmektedir.

Tavuk Yetiştirme Şubesinde, yerli ve yumurtacı tavuklarda bakım, besleme, yetiştirme teknikleri ve verimlerle ilgili araştırmalar yürütülmektedir. 

Şubede hayvan materyalini Denizli ve Gerze yerli tavuk ırkları ile Leghorn orjinli TX01T1 hatları oluşturmaktadır.

Türkiye Yerli Hayvan Genetik Kaynaklarının Korunması ve Sürdürülebilir Kullanımı Projesi kapsamında Denizli ve Gerze yerli tavuk ırklarının ex situ in vivo koruma projesi şube teknik personeli tarafından yürütülmektedir.

Hayvanlar yer, ızgara ve kafesli tipteki kümeslerde barındırılmaktadır. 

Enstitüdeki arazilerin ekilip biçilmesini düzenlemek, hayvanların kaba yemlerini temin etmek ve depolamak, ağaçlandırma çalışmaları yapmak, bahçe düzenlemeleri yapmak bu şubenin görevleri arasındadır

İsim	Unvan	Görev
Dr. ​Çağrı Melikşah SAKAR	Ziraat Mühendisi	Bölüm Başkanı
​Yasin ERGİDEN	Veteriner Hekim	Koyun-Keçi Yetiştirme Şube Şefi
​Burak ARTUT	​Veteriner Hekim​	​Sığır Yetiştirme Şube Şefi
Dr. Neval ÖZDOĞAN	​Veteriner Hekim	Tavuk Yetiştirme Şube Şefi
​Murat AKKUŞ	​Ziraat Mühendisi	​Ziraat Şube Şefi
​​Esra KARADUMAN	​Ziraat Mühendisi​	​Araştırmacı​
​Dr. Feridun Işın CÖNER	​Veteriner Hekim	​Araştırmacı​
​Sinem FIRDOLAŞ	​Ziraat Mühendisi​	​​Araştırmacı​
​Aylin UÇAR SAVCI	​Veteriner Hekim	Araştırmacı​
Özgür GÜVEN	​Ziraat Mühendisi	​Araştırmacı
​Gökçe ÜNAL	​Ziraat Mühendisi	​Araştırmacı
​Fatma Gül MIZRAK	​​Veteriner Hekim	​Araştırmacı
​​Dr. Mesut YILDIRIR	​Ziraat Mühendisi	​Araştırmacı
​Gözde BOZKUŞ	​​Tekniker	​Tekniker
	​​​