1830 - 1840'lı yıllarda Osmanlı Ordusuna farklı eğitim yöntemlerini öğretmek için Malatya'ya gelen Alman generallerden bazıları notlarında, Malatya'nın birçok meyve türüne ait ağaçlarıyla dolu eşsiz güzellikte bir yer olduğuna yer vermiştir. Cumhuriyetin kuruluş yıllarında tarımda atılım çalışmaları ve dolayısıyla meyveciliğin önem kazanması ile beraber Ankara'da kurulan Yüksek Ziraat Enstitüsü'nün Müdürü Alman Prof. Dr. W. Gleisberg, Alman generallerin notlarının etkisiyle, Malatya'nın meyvecilik potansiyelinin öğrenilmesine yönelik çalışmalar yaptırmıştır. Gleisberg, baş asistanı Lütfi Ülkümen'i doktora çalışması yapmak üzere Malatya'ya yönlendirmiştir. Ülkümen 1933 - 1936 yılları arasında yaptığı çalışmalarla Malatya'nın meyvecilik potansiyelini daha net ortaya çıkarmıştır. Bunun üzerine 1937 yılında müessesemiz Türk-Alman işbirliğiyle "Kayısı İstasyonu" olarak kurulmuştur. 1940 yılından itibaren başta kayısı olmak üzere yaprağını döken meyvelerin fidan üretimine başlanmıştır. Kayısı fidanı sayısal olarak 1945 yılına kadar üretim içerisinde ağırlığını korumuş, 1946 yılında kuruluşa "Bahçe Kültürleri İstasyonu" adı verilmesine rağmen faaliyetleri fidan üretimi ile sınırlı kalmıştır. 1960 yılında kuruluş 13 km uzaklıktaki "Pamuk Deneme İstasyonu" ile birleştirilerek "Deneme İstasyonu" adını almıştır. Daha sonra Deneme İstasyonu arazisinde Tarım Meslek Lisesi kurulması ile tekrar eski adını almıştır. 1971 yılındaki reorganizasyonla faaliyetlerini 1974 yılına kadar "Deneme ve Üretme İstasyonu" adı altında sürdürmüştür. 1974 yılında konu müessesesi kabul edilmesiyle birlikte "Kayısı Araştırma İstasyonu" adı verilmiştir. Daha sonra bünyesinde inşa edilen "Gıda Kalite Kontrol Laboratuarı"nı da bünyesine alarak "Zirai Araştırma İstasyonu" adını almıştır. 1985 yılında yapılan reorganizasyon ile Tarım İl Müdürlüğü’ne bağlı kuruluş statüsüne kavuşturulmuştur. 01.08.1986 yılında Bakanlık bünyesindeki araştırma, kontrol, test ve üretim kuruluşlarının teşkilat görev ve çalışma esasları yeniden düzenlenmiş, "Meyvecilik Araştırma Enstitüsü" adını almıştır. Son olarak 2011 yılında Bakanlığımızın yeniden yapılandırma sürecinde ismi "Kayısı Araştırma İstasyonu Müdürlüğü" olarak revize edilmiştir. Son olarak 2015 yılında "Kayısı Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü " ismini almış olup Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü' ne bağlı olarak çalışmalarına bu isim altında devam etmektedir.

​