Enstitümüz görev alanında bulunan bölgelerde meyve hastalık ve zararlılarına karşı doğal denge, gıda güvenliği ve sürdürülebilir tarım göz önüne alınarak bitki koruma alanında araştırma çalışmaları yürütülmektedir. Enstitümüzün konu araştırma enstitüsü olması nedeniyle çalışmalar ağırlıklı olarak kayısı hastalık ve zararlıları üzerine yoğunlaşmaktadır. Enstitüde ıslah edilen çeşitlerin hastalık ve zararlılara duyarlılıkları, mevcut hastalık ve zararlılarla mücadele yöntemleri, sağlıklı materyal üretim teknikleri üzerinde çalışılmaktadır.

Görev bölgemizde üretimi yapılan çok yıllık meyve türlerinde görülen hastalıklar ve zararlılar konusunda Üniversiteler, TÜBİTAK, Özel Sektör ve diğer Kamu Kurum ve Kuruluşları ile ortaklaşa araştırma çalışmaları yürütülmektedir.

Yapılan çalışmalar sonucunda elde edilen veriler Bakanlığımız ilgili birimleri ile bilimsel dergi ve organizasyonlarda paylaşılmak suretiyle araştırmacıların ve üreticilerin bilgisine sunulmaktadır. Bununla birlikte bölge üreticilerine bitki koruma konularında teknik danışmanlık hizmeti verilmektedir.