1969 Yılında T.C. Tarım Tarım ve Köyişleri Bakanlığına bağlı Zirai Araştırma Enstitüsü olarak kurulan Enstitü, 1987 yılında havza kuruluşu haline getirilerek Doğu Anadolu Tarımsal Araştırma Enstitüsü olarak isimlendirilmiştir. 2011 yılında yeniden yapılandırılma kapsamında Erzurum Toprak ve Su Kaynakları Araştırma Enstitüsü ile birleştirilmiş ve bölgesel araştırma enstitüsü olarak hizmet vermektedir.