1969 Yılında Tarım Bakanlığına bağlı Zirai Araştırma Enstitüsü olarak Erzurum da kurulan enstitü, daha sonra bir çok düzenlemeden geçmiş ve nihayet Tarım ve Köyişleri Bakanlığının 1987 Yılındaki re-organizasyonu ile havza kuruluşu haline getirilerek Doğu Anadolu Tarımsal Araştırma Enstitüsü olarak isimlendirilmiştir. En son düzenlemede tarımsal araştırma enstitülerinin, “aralarındaki iş bölümünün ülke ihtiyaçlarına cevap verecek konuları kapsayacak ve duplikasyonları önleyecek tarzda yeniden düzenlenmesini” amaçlayan Bakanlık Olurları ile ülkemiz ekolojik karakterleri bakımından 5 ana Tarımsal Araştırma Yayım Bölgesine ayrılmış ve enstitümüze bu bölgelerden biri olan Doğu Anadolu (Soğuk Kara İklimi) Tarımsal Araştırma-Yayım Bölgesinde araştırma yapma görevi verilmiştir. Enstitümüz, bu iklim kuşağı içerisinde yer alan 4 farklı agro-ekolojik zonda çiftçi problemlerine yönelik araştırmalar yapmakla yükümlü hale gelmiştir. Enstitümüzün sorumluluk bölgesinde yer alan iller. Doğu: Erzincan, Erzurum, Gümüşhane, Bayburt, Ağrı, Tunceli, Bingöl, Muş, Bitlis, Van, Hakkari ile Siirt ve Şırnak’ın yüksek yerleri; Doğu-Kuzey Geçit : Kars, Ardahan, Artvin (yüksek yerleri), Rize, Trabzon ve Giresun’un iç kesimleri; Doğu-Güney Geçit: Kahramanmaraş, Adıyaman, Malatya ve Elazığ illerinin yüksek kesimleri; Mikroklimalar: Iğdır ve Artvin (Çoruh Vadisi).