Eğirdir Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Bakanlığın araştırma, kontrol, test ve üretim kuruluşlarında yaptığı reorganizasyon sonucu, Türkiye iç sularında araştırmalar yapmak üzere, Ağustos 1986 yılında Bakanlığa doğrudan bağlı olarak kurulmuş, Nisan 1987 yılında faaliyete geçirilmiştir.

03.06.2011 tarih ve 639 sayılı kanun hükmünde kararname ile Bakanlığımız yeniden yapılandırılmış ve Eğirdir Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü (Eğirdir Birimi) Akdeniz Su Ürünleri Araştırma Üretme ve Eğitim Enstitüsü çatısı altında birleştirilmiştir.

​​2013/4934 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurumumuz doğrudan merkeze bağlı taşra teşkilatı olarak Isparta İli, Eğirdir İlçesinde Su Ürünleri Araştırma İstasyonu Müdürlüğü şeklinde yeniden yapılanmıştır.

06/05/2015 tarihli ve 2015/7706 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile ismi tekrar Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir.