Kurumumuz ilk olarak Eğirdir Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü adıyla, Bakanlığımızın araştırma, kontrol, test ve üretim kuruluşlarında yaptığı reorganizasyon sonucu, Türkiye iç sularında araştırmalar yapmak üzere, Ağustos 1986 yılında Bakanlığımıza doğrudan bağlı olarak kurulmuş ve Nisan 1987 yılında faaliyete geçmiştir. 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı kanun hükmünde kararname ile Bakanlığımız yeniden yapılandırılmış ve Eğirdir Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü (Eğirdir Birimi) Akdeniz Su Ürünleri Araştırma Üretme ve Eğitim Enstitüsü çatısı altında birleştirilmiştir. 2013/4934 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Kurumumuz doğrudan merkeze bağlı taşra teşkilatı olarak Isparta İli, Eğirdir İlçesinde Su Ürünleri Araştırma İstasyonu Müdürlüğü şeklinde yeniden yapılanmıştır. 06/05/2015 tarihli ve 2015/7706 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile ismi tekrar Eğirdir Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir. 15 Temmuz 2018 Tarihli ve 30479 Sayılı Resmî Gazete yayımlanan Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile son olarak yeniden düzenlenmiştir.
Çalışma sahası Isparta, Denizli, Burdur, Bursa, Karaman, Kayseri, Uşak, Afyonkarahisar, Kütahya, Bilecik, Eskişehir, Konya, Ankara, Aksaray, Kırşehir, Nevşehir, Kırıkkale, Çankırı, Yozgat, Niğde ve Manisa illerini kapsamaktadır.
Müdürlüğümüzün temel görevi; 1380 sayılı Su Ürünleri Kanunu kapsamında su ürünleri konusunda her türlü araştırmaları yapmaktır.
Genel Çalışma Konuları
Entegre program ve projeler kapsamında çalışmalarda bulunmak ve bu tip projelere her türlü teknik ve idari destek sağlamak,
Çalışma alanlarına giren konularda gıda besin değerlerinin tespiti ve kullanım imkânlarının artırılmasına yönelik araştırmalar yapmak,
Organik tarım ve iyi tarım uygulamaları konularında araştırmalar yapmak,
Araştırma sonuçlarının uygulamaya aktarılması amacıyla İl müdürlükleri, kamu, özel sektör ve sivil toplum kuruluşlarıyla işbirliği yapmak, ortak programlar düzenlemek, çiftçi şartlarında demonstrasyonlar kurmak, yayım çalışmalarına katkıda bulunmak,
Teknik düzeyde bölgesel, ulusal ve uluslararası seminer, konferans, sempozyum, kongre, çalıştay vb. bilimsel toplantılar ve eğitim programları düzenlemek,
Enstitü tarafından yapılan veya yaptırılan araştırma sonuçlarını raporlar halinde düzenlemek ve yayınlamak,
Görevli olduğu konularda faaliyet gösteren uluslararası kuruluşlar, kamu ve özel kurum, kuruluşları ve STK'larla bölgesel, ulusal ve uluslararası düzeyde Ar-Ge çalışmalarında işbirliği yapmak, araştırma projeleri hazırlamak, yürütmek ve bu projelerde görev almak,
Enstitünün fiziki, beşeri, mali ve proje kapasitesini geliştirmek, bilgi teknolojilerinin kullanımını sağlamak,
Görev alanına giren konularda sosyo-ekonomik araştırmalar yapmak,
Görevli olduğu konular/temel tarım ürünlerinde üretim ve yatırım maliyetleri konusunda çalışma yapmak,
Uygulama kuruluşlarından ve üreticilerden gelen sorunları değerlendirerek çözüm yollarını araştırmak,
Enstitünün Döner sermaye faaliyetlerinin etkinliğinin artırılmasına yönelik çalışmalar yapmak,
Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü'nce (TAGEM) verilecek diğer görevleri yapmak, şeklinde sıralanmıştır.
Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğünün 09.08.2018 tarih 79765350-020-E.2358035 sayılı Olur'u ile Merkez, Bölge ve Konu Araştırma Müdürlüklerinin çalışma konuları ve bölümleri yeniden düzenlenmiştir. Bu kapsamda Enstitümüze de aşağıda belirtilen çalışma konuları ve bölümleri tevdi edilmiştir.
Özel Çalışma Konuları
Kerevit
İç Sularda Su Ürünleri Islahı ve Yetiştiriciliği
İç Sularda Balıkçılık ve Stok Tespiti
İç Sularda Ekosistem ve Çevresel İzleme
Su Ürünlerinde Alternatif Tıp Uygulamaları
Su Ürünleri Sağlığı
Biyoçeşitlilik ve Genetik Kaynaklar
Eğitim ve Yayım
Tarım Ekonomisi
Gıda Teknolojisi