Enstitünün sorumluluk bölgesinde meydana gelen/gelebilecek hastalıkların koruma, teşhis (parazit, mantar, bakteri ve viral) ve tedavilerine yönelik çalışmalar yapmak, İç sularda ve yetiştiricilik işletmelerinde hastalık problemlerine yönelik seminerler düzenlemek, eğitim çalışmaları yapmak (Dezenfeksiyon, hijyen, bul​aşmaların engellenmesi, çevre sağlığı, güvenli ilaç kullanımı v.b)., Hastalıkların kontrol altına alınması için stratejiler geliştirmesi ve bakanlığa öneriler sunmak, Hastalıklarla ilgili epidemiyolojik çalışmalar yapmak, Enstitümüzde ve diğer enstitülerde yürütülecek olan projelerin hastalık iş paketlerine destek sunmak ve bu alanda proje üretmek konularında faaliyet göstermektedir.