Tarımsal Mekanizasyon Şubesi, modern ve yenilikçi tarım teknolojilerinin gelişmesi ve yaygınlaşmasına yönelik olarak, kurumumuzun stratejik hedefleriyle bütünleşik bilimsel Ar-Ge ve inovasyon projeleri yapmayı, üreticilerin doğru makina, ekipman ve yöntem seçimleri ile birim maliyetlerini düşürmeyi ve tarımsal üretim aşamalarında mekanizasyon faaliyetlerinin daha da geliştirilmesini amaçlamaktadır. Bu nedenle tarımsal mekanizasyon,tarımsal gelişmişlik düzeyinin, sürdürülebilirliğin ve rekabetin kompetanı olarak değerlendirilmektedir.

Enstitü organizasyon şeması içinde yer alan "Tarım Makinaları Şubesi"  görev alanı bakımından geniş bir çalışma alanına sahiptir. Ülkemizin ve bölgemizin önceliklerine uygun üreticilerin sorunlarının saptanması, bilimsel ve teknolojik Ar-Ge faaliyetlerinin gerçekleştirilmesi şubenin temel hedefleri arasında yer almaktadır. Ar-Ge faaliyetlerinin yürütülmesinde, özel sektör, üniversiteler, kamu kurumları ve sivil toplum kuruluşları ile işbirliği sağlayarak, uygulamaya aktarılacak projeler üretmek, bölgenin tarım alet ve makinaları ile ilgili üreticilerden gelen talep ya da sorunların çözümüne yönelik çalışmalar yapmak şubenin sorumlulukları arasında yer almaktadır. Şubenin ana çalışma konuları aşağıdaki başlıklar altında verilebilir;