Enstitümüzün kuruluşu, iki farklı kurumun birleştirilmesi ile bu güne gelmiştir. İlki 1924 yılında “Tohum Islah İstasyonu” adıyla ülkemizde kurulan benzer 4 istasyondan bir tanesi olarak Hacı Ali/Karataş mevkiinde faaliyetlerine başlamıştır. 1937’de  adı “Pamuk İstasyonu ve Üretme Çiftliği”, 1953 tarihinde “Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü” ve 1965 tarihinde pamuğun başlı başına önemli bir konu olması nedeniyle bölgedeki gerekliliği de dikkate alınarak adı “Bölge Pamuk Araştırma Enstitüsü” olarak değiştirilmiştir. 

İkincisi ise 1961 yılında “Çayır-Mera ve Yem Nebatları Tohum Üretme Merkezi Müdürlüğü” adı ile Doğankent/Karataş’ta kurulmuş, 1964 yılında “Yem Bitkileri  Üretme ve Zootekni Deneme İstasyonu Müdürlüğü”, 1970'li yıllarda Pamuk hariç tüm tarla bitkilerinde araştırma yapmak üzere Zirai Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü ve 1987 yılında bünyesine pamuk araştırmalarını da katılarak “Çukurova Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü” adını almıştır.

1997 yılında ise 1924 kuruluş tarihli Hacı Ali Pamuk Üretme İstasyonu Müdürlüğü kapatılarak tüm mal varlığı ile müdürlüğümüze bağlanmıştır.​​​​​ 2011 yılında ise yeni yapılanma ile Enstitümüz "Doğu Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü” adını almıştır.​