Enstitümüz, yurdumuzun meyve, sebze ihtiyacının büyük bir bölümünü karşılayan Marmara Bölgesinde, konserve sanayiinin kurulması ve geliştirilmesi amacıyla 25.02.1961 tarihinde Bursa'da "KONSERVECİLİK ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ" adı altında faaliyete geçmiştir.
Enstitümüz, görevinin gereği olarak kurulu olduğu bölgede ve ülke çapında konserve, salça, meyve suyu sanayileri ve bu sanayilere hitap eden makine, ambalaj kuruluşlarının gelişmesine, kalitelerinin arttırılmasına, yeni ürünlerin geliştirilmesine öncülük etmiştir. Bakanlığımıza, Kalkınma plân ve program çerçevesinde; gıda sanayiinin geliştirilmesi, eğitim, araştırma ve kontrol konularında görevler verilmiştir. Bu amaçla Bakanlığımızda kurulan Gıda İşleri Genel Müdürlüğü bünyesine 19.08.1974 tarihinde bütün mal varlığı ile geçmiş ve adı “BURSA GIDA KONTROL EĞİTİM ve ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ" olarak değiştirilmiştir.
1982 yılında Enstitü’müze 1734 Sayılı Yem Kanununa göre yem kontrolü ile yem sanayiinin problemlerine çözüm aramak görevi de verilmiş ve "BURSA GIDA-KONTROL ve ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ" adını almıştır.
Tarım Orman ve Köyişleri Bakanlığının 09.04.1987 tarihli yazıları ile Enstitü’müzün adı "BURSA GIDA TEKNOLOJİSİ ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ" olarak değiştirilmiştir. Bakanlığımızın 26.02.1998 tarih ve KDD/ K – 43 sayılı Olur’ ları ile de “BURSA GIDA MERKEZ ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ“ adını almıştır.
Bakanlığımız Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkanlığı’nın MKD-BDR.2.06.2000/133 sayılı ve Makam’ın 14.11.2000 tarihli olurları ile Bursa İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü kapatılarak; Bursa Gıda Merkez Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü ile birleştirilmiş ve "BURSA GIDA KONTROL ve MERKEZ ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ MÜDÜRLÜĞÜ" adı altında araştırma ve kontrol hizmetlerine devam etmiştir. 08.06.2011 tarih ve 27958 nolu mükerrer resmi gazetede yayınlanan 03/06/2011 tarih ve KHK/639 karar sayısı ile kanun hükmünde kararname ile enstitümüz “GIDA VE YEM KONTROL MERKEZ ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ“ olarak görevine devam etmektedir.