Kuruluşumuz çalışmalarına; Tarla Bitkileri, Bitki Koruma, Bahçe Bitkileri, Toprak ve Su Kaynakları ve Enerji Tarımı olmak üzere beş bölüm altında devam etmektedir. Enstitü, araştırma çalışmalarını kendi arazisi yanında diğer illerde de yürütmeye çalışmaktadır. Tarımsal teknolojinin içinde bulunulan şartlarda üretilme zorunluluğu dikkate alınırsa, sadece enstitü arazisinde yürütülen çalışmaların çok geniş bir alana aynı şekilde götürülemeyeceği ve bu alanlarda bu teknolojilerin denenmesi ihtiyacı olduğu görülür. Bunun için araştırmaların mümkün olduğu kadar ihtiyaç duyulan yerlerde veya benzer ekolojilerde yürütülme mecburiyeti vardır. Bu nedenle, çok zor da olsa, bölgenin değişik ekolojilerinde araştırmalar yürütülmektedir. Bazı çalışmalar uluslararası kuruluşlar ve üniversiteler ile koordineli olarak yürütülmektedir. Enstitümüzde, tarımsal kuruluşlardan ve üreticilerden gelen veya araştırmacıların kendilerinin tespit ettiği enstitünün görev alanı içine giren tarımsal problemlerin çözümüne yönelik eğitimler verilmekte, gerekirse araştırma projesi hazırlanmaktadır. Araştırmacıların hazırladığı projeler öncelikle müessese araştırma komitesinde görüşülerek gerekli katkılar ve düzenlemeler yapıldıktan sonra, diğer enstitülerin, ülkemizin ileri gelen konu uzmanlarının, öğretim üyeleri ve Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğünün temsilcilerinin katıldığı Program Değerlendirme Toplantılarında değerlendirilmekte, kabul edilen projeler Genel Müdürlüğümüz bünyesinde oluşturulan “Araştırma Tavsiye Kurulunda (ATK)” gönderilmektedir. ATK’ların onayladığı projeler üzerinde çalışmalar yapılmaya başlanmaktadır.