Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü, 17 Kasım 1944 tarihinde Samsun-Ordu karayolunun 17. km.'sinde, “Samsun Bölge Tohum Islah İstasyonu" adı altında kurulmuştur. Çalışmalarına, 15 Ekim 1971 tarihine kadar bu isim altında devam etmiştir. Bu tarihten itibaren “Karadeniz Bölge Zirai Araştırma" adını alan Enstitü, 01 Mayıs, 1987 tarihinde Samsun Bölge Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsünün katılımı ile “Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü" adını almıştır. 26 Temmuz 2011 tarihinde Samsun Toprak Su Kaynakları Araştırma Enstitüsü'nü de bünyesine katan Enstitü, “Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" olarak, Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü kanalı ile Tarım ve Orman Bakanlığı'na doğrudan bağlı bir Bölge kuruluşudur. ​