​Birimimizde buğday hastalık çalışmaları, 1969 yılından itibaren buğday ıslah programı paralelinde devam etmektedir. Dayanıklılık ıslahına dayanan bu çalışmalarda; ıslah materyali üzerinde yapay hastalık epidemileri yaratılarak veya hastalıkla bulaşık tarlalarda (Toprak Kaynaklı Buğday Mozaik Virüsü için) denemeler kurularak çeşit ve hatların bölgedeki önemli hastalıklara karşı reaksiyonları ve dayanıklılık kaynakları belirlenmektedir.

Hastalık çalışmalarının amacı, buğday ıslah programında kullanılan çeşit ve hatların kontrollü ve tarla koşullarında buğday hastalıklarına karşı test edilerek, dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesini ve üretime kazandırılmasını sağlamaktır. Bu amaçla buğday ıslah bölümünde geliştirilen ön verim, verim ve bölge verim kademelerindeki buğday hatları bölgemizde görülen önemli hastalıklara karşı test edilmektedir. Orta Anadolu ve Geçit Bölgelerinde görülen en önemli buğday hastalıkları sarı pas, kara pas, kahverengi pas, sürme, rastık, toprak kaynaklı buğday mozaik virüsü, kök ve kök boğazı çürüklüğü hastalıkları ve buğdayda zarara neden olan tahıl kist ve kök lezyon nematodlarıdır. Bu hastalıklara karşı yapılan özel melezlemeler ile birçok çeşit geliştirilmiştir. Şimdiye kadar yapılan çalışmalarda, Geçit Kuşağı Tarımsal Araştırma Enstitüsü buğday ıslah bölümü tarafından geliştirilen ekmeklik buğday çeşitlerinden Kıraç-66, Süzen-97, Çetinel-2000, Müfitbey ve Nacibey, makarnalık buğdaylardan Altıntaş-95 ve Dumlupınar çeşitleri sürme hastalığına karşı dayanıklı, olarak belirlenmiştir. Bölgenin en önemli hastalığı olan sarı pas hastalığına karşı yapılan dayanıklılık testi çalışmaları sonucunda, Sultan 95, Süzen 97, Çetinel 2000, Alpu-01, İzgi-01, Soyer-02, Müfitbey, Nacibey, ES-26 ve Yunus çeşitleri geliştirilmistir. Bu çeşitlerin bölgede yaygın olarak ekimi yapılmaktadır. Bölgemizde daha geç dönemde görülen kara pas hastalığına karşı dayanıklı olan çeşitlerimiz, ekmeklik buğdaylardan Atay-85, Alpu-01, Sultan-99, Soyer-02 ve Nacibey çeşitleri, makarnalık buğdaylardan Altıntaş-95 çeşitleridir.

Enstitümüzde 1971 yılından beri üzerinde çalışma yapılan buğday hastalıklarından birisi de Toprak Kaynaklı Buğday Mozaik Virüsüdür. Bu hastalık, bölgemizde Alpu ile Mahmudiye yöresinde ve Eskisehir'in batısında Turgutlar Köyü'nde yaygın olarak bulunmaktadır. Hastalıklara duyarlı çeşit ekildiğinde verim kaybı % 80'e kadar çıkabilmektedir. Bu konu ile ilgili çalışmalar, bölgede hastalıkla bulaşık çiftçi tarlalarında yürütülmektedir. Yapılan dayanıklılık testi çalışmalarında Es-14, Sultan-95,Süzen-97, Altay-2000, Müfitbey ekmeklik buğday çeşitleri ile Karma-2000 ve Presto-2000 tritikale çeşitleri hastalığa dayanıklı olarak belirlenmiştir. Ayrıca enstitümüzde toprak kökenli hastalıklardan, kök ve kök boğazı hastalıkları ve tahıl nematodlarına karşı kontrollü koşullarda yapılan dayanıklılık testi çalışmaları sonucunda, ekmeklik buğday Altay 2000 çeşidinin kök ve kök boğazı hastalığına (Fusarium culmorum), Sönmez-01 çeşidinin Tahıl Kist Nematoduna (Heterodera filipjevi) karşı toleranslı olduğu belirlenmiştir.