Enstitümüz, 1930 yılında zamanın İktisat ve Ticaret Vekaletine bağlı olarak “Amerikan Asma Fidanlık Müdürlüğü” adı altında kurulmuştur.
Enstitü, il merkezine 2,5 km mesafede, Karadeniz Mahallesinde, Eski Tekirdağ-Malkara yolu üzeri Solak Çeşme Mevkiinde, killi-tınlı toprak yapısına sahip bir arazi üzerine kurulmuştur.
1930 yılında 90 dekar arazi ile hizmete giren Enstitünün arazi varlığı, bölge üreticilerinin yıllar ilerledikçe artan asma ve meyve fidanı taleplerine cevap verebilmek ve bunun yanı sıra araştırma çalışmalarını gereği gibi yürütmek amacıyla çeşitli yıllarda yapılan istimlâkler sonucu arttırılmış olup halen 772 dekar arazi varlığı üzerinde araştırma ve üretim faaliyetleri sürdürülmektedir.
1958 yılından itibaren üretim faaliyetlerine ilave olarak projeli araştırma çalışmalarına da başlamıştır. Bağcılıkta araştırma ve üretim çalışmalarını sürdüren Kurumumuz 1979 yılında projeler kapsamında yer alan diğer kuruluşlarla işbirliği halinde sorunların çözümüne yönelik faaliyetlere başlamıştır.
Enstitünün adı gibi, bağlı olduğu Bakanlık adları da süreç içerisinde değişkenlik göstermiştir. Günümüzde, 2017 yılında anayasada yapılan değişiklik ile geçilen Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemine uyum sağlaması amacıyla “Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde değişiklik yapılması hakkında 703 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname” ile bağlı bulunduğu T.C. Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Orman ve Su İşleri Bakanlığı ile birleşmiş ve adı T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı olan Bakanlığa bağlanmış oldu. Enstitü bu değişiklik ile “Bağcılık Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü” adı altında T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı’na bağlı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü’nün Konu Araştırma Enstitüleri’nden bir tanesi olarak bağcılığın her aşamasındaki sorunlarına çözümler bulmak üzere araştırma, üretim ve eğitim faaliyetlerini devam ettirmektedir.