Büyük bir tarımsal potansiyele sahip olan Güneydoğu Anadolu Bölgesinin, kalkınması ve tarımsal sorunlarının çözümü amacıyla 1962 yılında Tarım Bakanlığı'nın 20.06.1962 tarihli Olurları ile Enstitümüz Diyarbakır da kurulmuştur.
Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak 1963 yılında Teknik Ziraat Müdürlüğünün binalarında, 1964 yılında şehir merkezindeki kiralık binalarda faaliyetini sürdürürken, 1974 yılında bugünkü kampüsüne taşınmıştır.
Başlangıçta Ziraat İşleri Genel Müdürlüğüne bağlı iken daha sonra Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır. Ardından Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamenin ekli listelerinde Müdürlüğümüz Merkez Enstitü statüsüne alınmış olup, GAP Uluslararası Tarımsal Araştırma ve Eğitim Merkezi olarak Ulusal ve Uluslararası araştırma yapma yetkisi ile görev tanımı yönerge ile yeniden yapılmıştır.
Vizyonumuz
Tarım konusunda bölgesinde uluslararası nitelikte model bir araştırma ve eğitim kuruluşu oluşturarak kırsal alanda yaşayanların yaşam standartlarını yükselterek, refahı arttırmak, küresel ve bölgesel gelişmişlik farklarının giderilmesine katkı sağlamaktır.
Misyonumuz
Gelişmiş ve Gelişmekte olan ülkelerin Tarımsal AR_GE sistemleri arasında bir köprü kurarak, Doğal Kaynakların daha etkin, eşitlikci kullanılması ve korunmasını güvence altına almak, Araştırma ve İşbirliği projeleri ile tarımsal üretimi ve geliri arttırmak, güncel teknolojileri üretmek, transfer etmek ve kapasite geliştirilmesine katkı sağlamaktır. Yürüteceği çalışmalar ile Küresel Isınmanın etkilerinin azaltılması konusunda diğer bölge ülkelerine örnek olmaktır.