Enstitü Müdürlüğü, araştırma faaliyetlerini ve teknik konulardaki diğer işlerini araştırma alt birimleri olan bölümlerle yürütmektedir.
Enstitü Müdürlüğünün Bölümleri
1- Islah ve Genetik
Enstitü çalışma alanı içinde bulunan sulak alanlardaki gen kaynaklarının korunması, moleküler düzeyde tanımlanması bu sayede genetik veri tabanı oluşturulmasına yönelik çalışmalar gerek enstitü bünyesinde gerekse de diğer enstitülerle ortak olarak yürütülmektedir. Ayrıca, bölgede bulunan ekonomik değere sahip ve alternatif türlerin ıslah çalışmaları da bölümün çalışmaları doğrultusunda gerçekleştirilmektedir.
2- Balıkçılık Yönetimi Bölümü
Su ürünleri stoklarının belirlenmesi, üretimin arttırılması ve stokların sürdürülebilir kullanımının sağlanabilmesi için yönetim planlarının oluşturulması, yeni avlama teknolojileri/metotlarının geliştirilmesi, balıkçılıkla ilgili sosyo-ekonominin incelenmesi, balıkçılarda ve kooperatiflerde sorumlu sürdürülebilir balıkçılık bilincinin geliştirilmesi amacıyla eğitim programlarının düzenlenmesi konularında çalışmalar yürütülen bölümdür.
3- Yetiştiricilik Bölümü
Su ürünleri yetiştiricilik koşullarının ve veriminin iyileştirilmesi, yeni türlerin yetiştiriciliğe kazandırılmasına yönelik araştırmalar, çevreyle dost yetiştiricilik sistemleri ve balık besleme metotları geliştirmek, balık yetiştiricilerinin sorumlu sürdürülebilir balıkçılık bilinci ile hareket etmelerini sağlayacak danışmanlık hizmetlerinin verilmesi konularında görev yapan bölümdür.
4- Su Ürünleri Sağlığı Bölümü
Sorumluluk sahasında yer alan sularda ve yetiştiricilik işletmelerinde su ürünleri hastalıklarının teşhisi ve tedavisine yönelik araştırmalar yapmak, teşhis, tedavi, kontrol ve mücadele metotları geliştirmek, su ürünleri işletmelerinde sağlıklı üretim bilincinin gelişmesi için eğitim programlarının düzenlenmesi konularında çalışmalar yürüten bölümdür.
5- Üretim ve İşletme
İç su balıklarının üretiminin arttırılmasında yeni teknolojilerin kullanılması ve geliştirilmesi, yeni türleri kültüre almak amacıyla çalışmalar yapmak, yapılan çalışmaların sonuçlarını ve yeni geliştirilen teknikleri üretimin hizmetine sunmakla görevlidir. Su ürünleri yetiştiriciliğinin sürdürülebilirliği, su ürünleri damızlık materyallerinden yumurta ve yavru elde edilmesi, balık besleme, adaptasyon, diğer üretimler (hizmet, danışmanlık vb.) gibi konulardaki çalışmalar, bağlı birim olan ARGE tesisinde yürütülmektedir.
6- Ekoloji ve Kaynak Yönetimi Bölümü
Göl ve akarsularda, temel ekolojik ve kirlilik çalışmalarını yürütmek, su kaynakları ile ilgili veri tabanı oluşturmak, yetiştiricilik uygulamalarının çevresel etkisini belirlemek, iç sularla ilgili su kalitesi modelleri geliştirmek ve yönetim planları hazırlamak, su kaynakları kullanıcılarına sucul ekosistemler ve çevre bilinci konularında yardımcı olan bölümdür.
