Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'nca Türkiye iç sularında araştırmalar yapmak üzere 14/11/1998 tarih ve 23513 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan, Bakanlar Kurulunun 12/08/1998 tarih ve 98/11855 sayılı kararıyla Bakanlığa doğrudan bağlı olarak kurulan Enstitü Müdürlüğü 1999 yılı Kasım ayında faaliyete geçirilmiştir.
Yine Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'nın yeniden yapılanmasıyla birlikte 03/06/2011 tarih ve 639 sayılı Teşkilat ve Görevleri Hakkındaki Kanun gereği ismi, Elazığ Su Ürünleri Araştırma İstasyonu Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir.
23/06/2015
tarih ve 29395 sayılı resmi gazetede yayınlanan, 6/5/2015 tarihli ve 2015/7706
sayılı Kararnameye göre Kurumumuzun ismi tekrar Elazığ Su
Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir.
