Enstitü Müdürlüğü, araştırma faaliyetlerini ve teknik konulardaki diğer işlerini araştırma alt birimleri olan bölümlerle yürütmektedir.
Enstitü Müdürlüğünün Bölümleri
1- Islah ve Genetik
Enstitü çalışma alanı içinde bulunan sulak alanlardaki gen kaynaklarının korunması, moleküler düzeyde tanımlanması bu sayede genetik veri tabanı oluşturulmasına yönelik çalışmalar gerek enstitü bünyesinde gerekse de diğer enstitülerle ortak olarak yürütülmektedir. Ayrıca, bölgede bulunan ekonomik değere sahip ve alternatif türlerin ıslah çalışmaları da bölümün çalışmaları doğrultusunda gerçekleştirilmektedir.
2- Balıkçılık Yönetimi ve İşleme Teknolojisi Bölümü
Su ürünleri stoklarını belirleme, üretimin arttırılması ve stokların sürdürülebilir kullanımının sağlanabilmesi için yönetim planları oluşturma, yeni avlama teknolojileri/metotları geliştirme, balıkçılık sosyo-ekonomisini inceleme, balıkçılarda ve kooperatiflerde sorumlu, sürdürülebilir balıkçılık bilinci geliştirme amacıyla eğitim programları düzenleme konularında çalışmalar yürütülen bölümdür.
Avcılık ve yetiştiricilik yoluyla elde edilen su ürünlerinin; hazırlık, tüketim ve koruma aşamalarındaki kalite ve gıda güvencesi ile ilgili konularda çalışma yapma, su ürünlerinin bozulmadan hijyen ve sanitasyon kurallarına uygun olarak uzun süre saklanması, bol bulunduğu dönemlerde avlayıp işleyerek diğer mevsimlerde tüketimini sağlama, ürünleri işleyerek hazır ürün haline getirip tüketiciye kolaylık sağlama, diğer sektörlerin ihtiyacı olan mamul ve yarı mamul maddeleri elde etmeye yönelik araştırmalar yapma, mevcut işleme metotlarının geliştirilmesi, yeni metotların geliştirilmesi gibi konularda araştırmalar yapan bölümdür.
3- Yetiştiricilik Bölümü
Su ürünleri yetiştiricilik koşullarının ve veriminin iyileştirilmesi, yeni türlerin yetiştiriciliğe kazandırılmasına yönelik araştırmalar, çevreyle dost yetiştiricilik sistemleri ve balık besleme metotları geliştirmek, balık yetiştiricilerinin sorumlu sürdürülebilir balıkçılık bilinci ile hareket etmelerini sağlayacak danışmanlık hizmetlerinin verilmesi konularında görev yapan bölümdür.
4- Su Ürünleri Sağlığı Bölümü
Sorumluluk sahasında yer alan sularda ve yetiştiricilik işletmelerinde su ürünleri hastalıklarının teşhisi ve tedavisine yönelik araştırmalar yapmak, teşhis, tedavi, kontrol ve mücadele metotları geliştirmek, su ürünleri işletmelerinde sağlıklı üretim bilincinin gelişmesi için eğitim programlarının düzenlenmesi konularında çalışmalar yürüten bölümdür.
5- Üretim ve İşletme
İç su balıklarının üretiminin arttırılmasında yeni teknolojilerin kullanılması ve geliştirilmesi, yeni türleri kültüre almak amacıyla çalışmalar yapmak, yapılan çalışmaların sonuçlarını ve yeni geliştirilen teknikleri üretimin hizmetine sunmakla görevlidir. Su ürünleri yetiştiriciliğinin sürdürülebilirliği, su ürünleri damızlık materyallerinden yumurta ve yavru elde edilmesi, balık besleme, adaptasyon, diğer üretimler (hizmet, danışmanlık vb.) gibi konulardaki çalışmalar, bağlı birim olan ARGE tesisinde yürütülmektedir.
6- Ekoloji ve Kaynak Yönetimi Bölümü
Göl ve akarsularda, temel ekolojik ve kirlilik çalışmalarını yürütmek, su kaynakları ile ilgili veri tabanı oluşturmak, yetiştiricilik uygulamalarının çevresel etkisini belirlemek, iç sularla ilgili su kalitesi modelleri geliştirmek ve yönetim planları hazırlamak, su kaynakları kullanıcılarına sucul ekosistemler ve çevre bilinci konularında yardımcı olan bölümdür.