Kurumumuzun bulunduğu Beykoz-Riva arasındaki arazi Sultan Abdülaziz döneminde Abraham Eremyan Paşa'ya (1833-1918) verilmiş ancak daha sonra Sultan Abdülhamit tarafından geri satın alınarak kamu arazisi olarak tescil edilmiştir.
Cumhuriyet döneminde, İtalyan hükümetiyle ikili anlaşmalar yapılmış ve fidan üretiminin yanı sıra, Türkiye ikliminde doğal olarak yetişmeyen egzotik bitki ve ağaçlar yurt dışından getirilmiş ve dikilmiştir.
Arazi 1934 yılında Ziraat vekaletine tahsis edilerek kullanımı İl Özel İdaresine bırakılmıştır. Arazi araştırma merkezimize devredilene kadar Özel İdare tarafından fidanlık olarak kullanmıştır.
16 Nisan 2014 tarih ve 2014/6087 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile
Bitkisel Biyoçeşitlilik ve Geofit Araştırma Merkezi Müdürlüğü kurulmuştur.